根据《国家食品药品监督管理总局主要职责内设机构和人员编制规定》，新组建的食药总局行政编制为345名，其内设机构的人员安排将在五一前后完成。
由于增加了新的职能，与原来的食药监局相比，食药总局的内设机构增加了4个，人员增加148名。
在备受关注的食品安全监管方面，食药总局将成立三个司，分别负责生产、流通、分析预测的安全监管。此外，食药总局还将在制度层面健全食品药品的风险预警机制、地方监管检查机制。
按照《地方改革完善食品药品监督管理机制的指导意见》要求，省级层面的食药机构组建在上半年完成，市级机构组建在9月底前完成，县级机构组建年底前完成。
这意味着，时至今年年底，新食药总局将实现食品药品的全程无缝监管。
四环节全监管
根据十二届全国人大一次会议通过的国务院机构改革和职能转变方案，原工商、质检总局分管食品领域的流通、生产环节职能划归食药监局，食药监局提升行政级别，从卫生部划出，成立国家食品药品监督管理总局。
此外，原卫生部确定食品安全检验机构资质认定条件和制定检验规范的职责，也划入食药总局。
随着职能的扩围，食药总局对食品领域实现了链条式全监管。
近年来，食品企业数量庞大，且层次不齐。有毒豆芽、硫磺馒头等日常食品质量、安全事件的频繁爆发，有食品企业人士称，“主要是企业违法的成本太低。”企业社会责任、风险担责的系数小，在追求利润的情况下，食品的安全问题容易被忽视。
这一问题，或随着食药总局推动建立落实食品安全企业主体责任而逐渐有所遏制。
具体监管方面，“食药总局主要负责制定食品行政许可的实施办法并监督实施，建立食品安全隐患排查治理机制，制定全国食品安全检查年度计划，重大整顿治理方案并组织落实，负责建立食品安全信息统一巩固制度，公布重大食品安全信息。”据食药总局人士介绍，未来还将参与制定食品安全风险监测计划、食品安全标准，根据食品安全风险监测计划开展食品安全风险监测工作。
在具体落实层面，食药总局分设三个司，主要监管食品从生产到流通和安全形势的分析预测。
其中，食品安全监管一司主要负责、掌握分析生产环节食品安全形势、存在问题并提出完善制度机制和改进工作的建议，督促下级行政机关严格依法实施行政许可、履行监督管理责任，及时发现、纠正违法和不当行为。
食品安全监管二司主要负责流通环节中，类似上述问题的分析和督促。
食品安全监管三司则主要承担食品安全统计工作，分析预测食品安全总体状况，组织开展食品安全风险预警和风险交流。参与制定食品安全风险监测计划，并根据计划开展食品安全风险监测。
除了对生产、流通、分析预测三个环节的监管之外，食药总局还将在制度层面健全食品药品的风险预警机制、地方的监管检查机制。同时，构建防范区域性、系统性食品药品安全风险机制。
经费人员监管
国办印发的地方改革完善食品药品监督管理机制中，如此描述食药总局监管下的新气象，“改革完善食品药品监管体制，有利于实现全程无缝监管，形成食品药品监管社会共治格局，更好地推动解决关系人民群众切身利益的食品药品安全问题。”
这一新气象，从明年初能自基层到大城市逐渐开始实现。因为，县级机构的组建在今年年底前才能完成。
据地方改革监督管理机制指导意见要求，食药的日常监管任务较为繁重，地方各级政府要成立监管机构改革领导小组，尽可能缩短过渡期，省级食品药品监督管理机构组建争取在上半年完成，市级机构组建在9月底前完成，县级机构的组建争取在年底前完成。
而在这场机构划转中，工商领域，包括省、市、县的各级部门，以及基层派出机构，实现人员、编制、经费的划转至食药部门；质监领域的职能划转，各级部门主要涉及人员、编制。这两个领域中，相关划转对象的数量由地方政府确定，但要保证新机构力量的可行性。
而在食品安全检验检测机构、人员、装备、相关经费的划转中，县级的食品安全检验检测资源，通过整合建立区域性检验检测中心。
此次机构职能改革中，属地化管理未有重新调整，只是再度明确了“地方各级食品药品监督管理机构领导班子由同级地方党委管理，主要负责人的任免须事先征求上级业务主管部门的意见，业务上接受上级主管部门的指导”.
这意味着，属地化管理格局不变，而属地化格局的背后隐现的是监管力度。
1999年开始，药监部门实行省级以下垂直管理，此举主要遏制假冒伪劣和地方保护主义的盛行。2008年大部制改革时，食药监系统取消省级以下垂直管理，改为属地化管理。
在食药领域，关于垂直管理与属地化管理一直是争论焦点，支持属地化管理的一派认为，属地化方便了地方各级机构工作上的衔接；支持垂直管理的一派认为，属地化管理易导致监管流于形式，因为人事、财权都掌握在地方手里，要在为地方经济发展“做贡献”与开展工作之间走钢丝。
“垂直应该是个国际惯例，食药危害的不是某一个区域，而是全国性的，因为产品是全国销售。”段和段律师事务所合伙人陈若剑介绍，美国是垂直管理，有快速反应机制，某一食品出问题，短短几小时内，全国就会有反应，因为是垂直管理，信息、执法都是统一的。
陈若剑认为，中国如果也实行垂直管理，如某食品出问题，总局信息平台第一时间收到信息，很快做出反应，全国范围内的问题食品，在几个小时内也可以完成封存、下架等处理。这样会遏制眼下严重的食品安全问题。
“中国地方保护主义特别强，如果属地化管理，地方通过人财物的控制，不利于快速反应，问题不容易显现出来，全国范围内问题食品的追查、执法，也会较费周折。”陈若剑说。
链接
食药总局目前职责
制定食品行政许可实施办法建立食品安全隐患排查治理机制制定全国食品安全检查年度计划制定重大整顿治理方案并组织落实建立食品安全信息统一巩固制度公布重大食品安全信息
食药总局未来职责
制定食品安全风险监测计划制定食品安全标准
食药总局食品监管分工
监管一司：生产环节监管二司：流通环节监管三司：安全统计、风险预警
