长期以来，啤酒的酿造生产一直受到微生物污染的威胁，病害微生物会造成啤酒酸败、变质及浑浊。因此，微生物控制在啤酒生产中是一项非常重要的工作，要想保证产品的酿造质量，必须从控制微生物污染开始。
瓶装熟啤酒危害分析 与啤酒安全性有关的危害包括生物危害、化学危害和物理危害三类。啤酒的危害分析方法是按照啤酒生产的工艺流程：原料一除杂一粉碎一糖化糊化一麦汁过滤一麦汁煮沸一麦汁冷却一发酵一啤酒过滤一清酒一灌装一巴氏灭菌一检验一成品啤酒，逐个分析每个生产环节，列出各环节可能存在的生物的、化学的和物理的潜在危害。
生物危害分析
原辅料原料易受细菌的污染，特别是霉菌的污染，原料中的大麦在农田期间易染赤霉菌，在收获和贮藏时易染镰孢霉，在受潮时大米易染黄曲霉，镰孢霉有高致病性，黄曲霉有致癌作用。在贮存运输时，由于保管不妥，也易受有害菌的影响。酒花在夏秋多雨季节易染酒花霜霉菌。
水源酿造用水主要是设备清洗水及稀释水，所带入的微生物有致病菌和非致病菌，致病菌有伤寒杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、大肠杆菌等，这些都是对人体有害的细菌。水含菌量高，可直接污染发酵液、清酒液、酵母和冷却麦汁，杂菌过多会使啤酒酵母受到污染，使发酵液产生不正常的现象和气味。非致病菌污染产品，损害水处理设备，引起腐蚀等。
原料贮存原料在储存过程中由于贮存条件的不合适，最易感染细菌，特别是霉菌，如受潮时，大麦、大米等辅助原料易变质发霉，即感染了霉菌，而这些霉菌通常对人是有毒有害的，如黄曲霉、赤霉等。
粉碎若采用湿法粉碎，所带来的生物危害远比干法粉碎大，湿法粉碎易感染有害菌，会给以后步骤带来不良反应，如使酵母发酵异常，产生有毒有害物质。因此，生产中要严格执行SSOP操作规范，严格执行该工序后的除杂。
糖化糊化在糖化间，水粉混合器是最容易长霉的地方，这是因为粉料和水蒸汽相遇而结块，容易粘附在混合器的器壁上，时间长了就会长霉变质，有时会脱落而掉进投料的汁液中造成污染。在糖化过程中，最容易染菌的是低温麦芽浸渍阶段，气中的微生物(特别是霉菌)容易侵入到麦汁中，如果这阶段停留的u,l问超过lh，麦汁就开始酸败，使其带有一股酸味。感染的微生物通常是假单孢菌和肠道细菌，这类微生物又被称为麦汁杂菌。
麦汁过滤在麦汁沉淀、冷却过程和接种酵母初期，污染微生物主要是所谓“麦汁细菌”，如变形肥大杆菌、大肠菌群、醋酸菌等好氧和微好氧菌。
麦汁煮沸和酒花添加由于进行加热煮沸操作，足以杀死大部分微生物，这一步中相对来说所带来的生物危害较小。
旋涡沉淀煮沸麦汁经过高温灭菌后，一般是无菌的，但麦汁管道、阀门、冷却器等会因为粘附而积累一些物质，这些物质会成为细菌的滋生地。
麦汁冷却若冷却麦汁在冷却、充氧、顶水等过程中感染大肠杆菌、四联球菌、乳酸菌、细菌等，这些细菌微生物伴随麦汁进入发酵罐，会使麦汁变得粘稠、浑浊以及析出沉淀物，从而破坏发酵液的生物稳定性能，更有甚者它们中某些代谢产物，如硝酸盐能使啤酒酵母中毒，抑制酵母对麦汁的发酵作用。
