对公众来说，鱼的基因可以转给番茄，使番茄更易于保存；微生物的基因可以转到棉花上，使棉花具备抗虫的能力，这是很难理解的。
而早在20世纪80年代中期，我国的科学家们就开始介入这种高难度的组合游戏了。比如番茄由于富含水分很不耐冻，科学家将生活在低温环境下的一种深海鱼的基因，移植到番茄细胞内，就培育成了耐冻的转基因番茄。
当时批准种植的转基因作物还包括辣椒、甜椒、矮牵牛花、棉花。但从经济方面来看，迄今被批准的最为重要的商品是几种“Bt”棉花，它们引入了从苏云金芽孢杆菌中提取出的杀虫毒素基因。
1997年，中国政府批准美国孟山都公司开发的Bt棉花投入商业种植，不过两年，这种作物就蹿红为中国种植最多的转基因作物。它的神效在于，把细菌的基因转到棉花中去，这种细菌本身具有杀虫蛋白基因，这样，虫子一吃这种转基因棉就死，也不用再喷农药了。
随着Bt抗虫棉的推广，我国的转基因作物的种植面积翻了3倍，成为世界第6大转基因作物播种国，如果从此前的发展势头来看，农业似乎已经走在通往转基因时代的大道上。
从2000年开始，转基因技术走入了低谷，商业化审批中断，《农业转基因生物标识管理办法》出台，中国积极签署了《生物安全议定书》，种种迹象表明，中国正在效仿欧洲，苛刻对待转基因技术。
围绕转基因的话题，最多的争议始终围绕在大米问题上。稻米占我国粮食总产量的40%，是过半中国人的主粮，因此在我国众多的生物技术的研究中心中，它都是主题。
在2009年8月17日，农业部批准了两种水稻——“Bt汕优63”和“华恢1号”的转基因生产应用安全证书。
中国科学院农村政策研究中心主任黄季焜表示，2003年中科院团队对试种植转基因水稻的8个村做了数月调研。他算出一笔账：转基因水稻可以使农民少用80%农药，增产6%～8%。
一直以来，学界的一些人士表露出一种倾向：中国有可能成为世界上第一个大面积种植转基因口粮的国家，因为这被认为有助于解决中国粮食安全，增加农民收入。
但是随着外界对转基因食品投以越来越多关注和质疑后，一场对转基因食品质疑的口水战，以及由此引发的公众恐慌，使得转基因食品的前景似乎还不明朗。
中科院《科学新闻》曾发表一篇文章，将转基因食物“可能”对人类健康的危害总结为三点：
一、转基因作物中的毒素可引起人类急、慢性中毒或产生致癌、致畸、致突变作用；
二、作物中的免疫或致敏物质可使人类机体产生变态或过敏反应；
三、转基因产品中的主要营养成分、微量营养成分及抗营养因子的变化，会降低食品的营养价值，使其营养结构失衡。
转基因的支持者认为，没有证据表明转基因会影响到人类的健康安全，而转基因带来的增产魅力让人难以拒绝它的诱惑。
事实上，全球的科学界，都没有提供支持或反对的可靠证据。到目前阶段，对转基因安全性的一个比较客观的评价是：这是一个无法证实也无法证伪的命题。
因此，一直以来中国农业部对此始终保持较为谨慎的态度。2010年，农业部农业转基因生物安全管理办公室负责人，在就推进转基因技术研究与应用答记者问时表示，发放转基因生物安全证书并不等同于允许商业化生产。
根据《农业转基因生物安全管理条例》、《中华人民共和国种子法》及《主要农作物品种审定办法》等法律法规的规定，2009年获得中国农业部生物安全证书的两种转基因抗虫水稻，还需通过品种审定，并获得种子生产许可证和种子经营许可证后，方可进入商业化生产。但截止到目前，农业部没有对任何转基因稻种进行放行。
