此事件发生后，南川区委书记李殿勋立即作出专门指示，区长曹清尧连夜主持召开专题会议，启动突发公共事件应急响应预案，研究患者救治、疫情排查、力量调配、后勤保障、社会稳定等工作，成立应急处置指挥部，抽调精干医疗救治力量，组建医疗救治、流行病学调查、食品安全、学校卫生、后勤保障、信息报送、善后处置等7个工作组，全面开展救治应对工作，当晚完成全部病例住院治疗。
南川方面称，重庆市卫生局、市疾控中心、重医儿童医院专家到南川现场会诊，组成市区两级救治专家组，在应急救治基础上形成统一治疗方案，对患者实行住院隔离治疗，学生病例病情得到有效控制。
目前，南川按照专家组制定的应对救治方案，加强疑似病例排查，强化治疗医院院内分区隔离和消毒管理，对疫点学校进行全面消毒，严防交叉感染、二次疫情和疫情扩散。
在疫情原因调查方面，南川成立由卫生、疾控、食品药检、公安等部门组成的联合调查组，及时采样检测，尽快分析查找疫情发生原因。此外还将开展全区学校安全隐患专项拉网式排查整治，普及健康卫生知识，严防类似事件再次发生。
