黄瓜是最重要的蔬菜之一，相比其他园艺作物有着较小的基因组，因此常被用来作为研究植物或者蔬菜重要经济性状形成的重要模式系统。在该研究中，科研团队对115个黄瓜品系进行了重测序，并对一个野生黄瓜进行了从头测序。他们共发现330多万个单核苷酸多态性位点（SNPs），33万多个小插入和删除，594个获得/缺失变异。基于这些数据，研究人员构建了一个单核苷酸分辨率的黄瓜遗传变异图谱。利用该遗传变异图谱，科学家证实了黄瓜发源于印度，同时将控制叶片、果实大小以及苦味等性状的关键基因定位在了染色体上，为下一步利用这些重要蔬菜驯化基因打下了基础。
973计划2012年设立重大项目“主要蔬菜重要品质性状形成的遗传机理与分子改良”，两年来在蔬菜重要性状形成方面取得一系列进展。黄瓜变异组图谱将进一步促进蔬菜作物生物学研究，为提高我国蔬菜育种的核心竞争力、促进民族种业的跨越性发展奠定了坚实基础。
