月饼虽然经过高温杀菌，但在储存和销售的过程中，仍会因微生物超标而发霉变质，主要原因包括：1.原辅料不新鲜，初始菌含量过高。2.原料在采购、运输、储存过程中，受到微生物污染。3.车间脏乱，空气中的细菌、霉菌等微生物含量偏高。4.加工车间狭小，前后工序交叉污染。5.生产设备、包装容器、生产车间环境没有消毒。6.加工后的月饼在冷却过程中，遭受到了车间空气中的微生物的污染。7.冷却后的月饼没有及时包装，感染了空气中的微生物。7.生产工人的个人卫生差，工人的手部沾染了很多细菌，对月饼造成了污染。
专业研发食品杀菌保鲜技术的上海康久消毒技术中心的研究人员周立法先生认为，基于NICOLER消毒技术开发的动态空气消毒设备和自动手消毒器，具有制造成本和使用成本低、人机可同场作业等优势，能有效预防微生物对月饼的污染，提高月饼加工、冷却和包装车间的空气的卫生质量，从而提高月饼等食品的安全质量、延长月饼的保质期。
月饼等食品与车间内的空气接触时，如空气中含较多的细菌等微生物，则微生物会附在食品表面、污染食品，导致食品腐败变质。
为减少食品车间内的空气污染，必须对车间进行净化。但很多月饼生产企业的规模偏小、实力有限，不可能配置造价和运行成本都很高的消毒设备或净化车间。很多烘焙食品企业没有条件建造标准洁净生产车间。即使是改造成标准洁净车间，对中小糕点食品企业来说，日后的维护成本也很高；且大部分中小糕点生产企业的厂房结构偏老，不易改造。
为避免微生物污染食品，月饼生产企业宜采用成本合理、性价比高的空气消毒杀菌设备，如动态空气消毒设备。上海康久消毒技术中心专业开发食品消毒设备，包括动态空气消毒设备、双核臭氧杀菌设备、自动手消毒设备等。该中心采用NICOLER动态空气消毒技术开发的成本较低的“动态空气消毒设备”，适合月饼等食品生产企业使用。
NICOLER动态空气消毒技术是指人机可同场同步作业的一种杀菌消毒方式，在对空气杀菌消毒时，工作人员无需离开，对人体健康没有危害，此种消毒方式被称为动态消毒。动态消毒设备的消毒过程为：在负压风机的作用下，食品车间内被微生物污染的空气被抽进消毒机内，通过等离子静电场时，带负电的细菌等微生物被分解击破，再组合药物浸渍型活性炭等组件，进行二次消毒过滤。经处理的洁净的空气快速循环流动，使食品车间等受控环境保持在卫生洁净的状态。
一些有实力的规模型月饼生产企业为实现冷包装的目的，将包装车间设计为无菌净化车间，但仍会存在食品安全隐患。无菌净化车间的净化原理是：将室外的新风加净化系统自身的内循环风，经初、中、高效过滤器过滤后，引入室内，采取过滤尘埃的方式，降低月饼生产车间环境中的细菌含量。很多月饼生产企业每天24小时连续生产，净化系统自身无杀菌功能，若在一定的湿度、温度、营养源的条件下，终端高效过滤器自身滋生了细菌，可能会导致“微污染”隐患，毕竟，“无尘车间”不等同于“无菌无尘车间”。
很多净化系统采用臭氧、紫外线等杀菌设施，而没有配置动态消毒设备。但臭氧无法在有人工作时使用、紫外线杀菌效果不稳定。为解决这些问题，配置了万级、百级等层级净化设施的月饼冷却车间和包装车间，可采用移动式食品动态空气消毒设备，对空气进行杀菌消毒，该设备使用方法简单：在员工上班时开机；在生产过程中，持续消毒，不关机；员工下班后，同步关机。使用这种移动式食品动态消毒机，月饼企业可在卫生洁净的车间内，连续24小时生产。目前，该种动态空气消毒设备已用于饮料、乳制品、烘焙食品、肉制品、水产制品等食品生产过程中，有效提高了这些食品的安全质量。
操作工人手部的微生物也会导致月饼质量不合格，受微生物污染的月饼将会发霉变质。据上海康久消毒技术中心的周立法先生介绍，食品生产对操作人员手部的卫生要求比日常更加严格，普通的洗手方法已不能满足食品安全的要求。生产工人的手部如果带有很多微生物，会以不同方式污染月饼等食品，导致食品腐败变质、缩短月饼等食品的保质期。
为预防工人不干净的手影响月饼安全质量，月饼等焙烤食品加工企业应建立“自动洗手→自动干手→自动消毒”的卫生消毒程序，积极采用科学的HACCP质量管理体系。月饼加工企业在每个需要进行手部消毒的关键岗位，均应安装一台自动感应手消毒器，在达到卫生标准要求的同时，既可以节约大量消毒液，又能提高工作效率、避免消毒前后的二次污染，可快速杀灭生产工人的手部细菌。以首次消毒后的时间计算，建议每隔60～90分钟，对从事月饼生产的工人的手部重新消毒，以阻隔手部微生物的生长繁殖。
为满足月饼企业对高效手部消毒设备的需求，国内已有食品技术研究机构采用先进的NICOLER手消毒技术，开发成功了“NICOLER自动感应手消毒器”。该消毒器可有效杀灭工人手部的病原微生物、阻断微生物对食品的二次交叉感染，有利于创造清洁卫生的生产环境、预防工人手部对食品造成的微生物污染、提高手部消毒效率。应用自动感应手消毒器和自动感应手消毒技术，可有效提高月饼等食品的安全质量、延长月饼保质期，从而推动我国焙烤食品产业稳步发展。
