面对越来越迫切的水源地保护，专家学者建议，应尽快组织开展国内主要大中城市水源地状况评估，摸清家底。
据了解，面源污染频频侵害城市水源地，这与相关管理制度执行不严有直接关系。专家表示，应尽快由国家相关部门牵头，对各大中城市水源地开展普查。在摸清底数基础上，作好水源保护区划分并严格执行饮用水水源保护区管理制度，对保护区内存在的厂矿企业等违法设施坚决取缔。还要加快推进城市备用水源建设，完善应急供水系统和风险掌控能力。
有专家提出，对资金确实紧张、经济下行压力较大的省份，在水源地治理进行必要的财政支持。辽宁大伙房水源地保护区规划投资处处长陶宝库认为，大伙房水库治理之所以能起到成效，与2011年到2015年当地被列入中央湖泊生态环境保护试点，得到中央投资密不可分。毕竟环境保护等不得，对经济上确实存在困难的地方，可以在环保设备运行维护上给予必要的资金支持，从而缓解地方压力，增强地方治污积极性。
发生在2014年的兰州市突发自来水苯超标事件，为人们保护饮用水源敲响了警钟。专家称，随着近年来污染饮用水水源地事件频发，建设饮用水备用水源地或应急水源应尽快提上日程，以保障应急状态下的饮用水供应，防止出现超市“抢购水”等事件发生。
同时，应进一步完善创新生态补偿机制，让政策更具可行性。有基层干部认为，根据要求，水源地保护区内不允许有工矿企业，不允许搞三产服务业，对库区百姓来说确实是吃亏的。库区治理要形成良性互动，不能让老百姓因为生态保护致贫、返贫，国家相关规定关键在细化落实，具体可执行、可操作。
大自然保护协会中国项目副首席代表赵鹏建议，可采用水基金等模式，调动政府、企业、社会等多方面力量，借助现代金融工具有效推动环保公益事业的长期可持续发展。
此外，专家建议，对水源地的保护、污染及查处情况，应做好信息公开，并学习借鉴其他国家的治理措施。譬如，多年前美国的水源地也曾备受面源污染困扰，但通过一系列措施，这一状况大为改观。其中，美国在农业污染控制方面有系统的法律框架，如美国环保局实施了非点源污染管理计划，农业部实施了乡村清洁水计划、国家灌溉水质计划、农业水土保持计划等。美国在农业面源污染控制上，对农民没有或只有很少补贴，主要是鼓励农民自愿采用环境友好的替代技术，包括工程型和非工程型两种。工程型措施有人工湿地、植被过滤带和草地、河岸缓冲带、暴雨蓄积池等；非工程型措施有免耕—少耕法、有害物质综合管理、生物废弃物的再利用等。农业部设专款支持农民发展生态农业以减少面源污染，水土保持局提供技术指导帮助地方政府控制水土流失，内政部和环保总署则为不同规模、层次的水资源规划和非点源控制提供情报和信息。
