根据安全性评价的需要，将转基因微生物分为植物用转基因微生物、动物用转基因微生物和其它转基因微生物。
一 、其它转基因微生物安全评价
(一) 其它转基因微生物安全性评价
1 受体微生物的安全性评价
1.1 受体微生物的背景资料：
1.1.1 学名、俗名和其他名称；
1.1.2 分类学地位；
1.1.3 试验用受体微生物菌株名称；
1.1.4 是天然野生菌种还是人工培养菌种；
1.1.5 原产地及引进时间；
1.1.6 用途；
1.1.7 在国内的应用情况；
1.1.8 对人类健康或生态环境是否发生过不利影响；
1.1.9 从历史上看，受体微生物演变成有害生物的可能性；
1.1.10 是否有长期安全应用的记录。
1.2 受体微生物的生物学特性：
1.2.1 生育期和世代时间；
1.2.2 繁殖方式和繁殖能力；
1.2.3 适宜生长的营养要求；
1.2.4 在环境中定殖、存活和传播扩展的方式、能力及其影响因素；
1.2.5 对人畜的致病性，是否产生有毒物质；
1.2.6 对植物的致病性；
1.2.7 其他重要生物学特性。
1.3 受体微生物的生态环境：
1.3.1 在国内的地理分布和自然生境，其自然分布是否会因某些条件的变化而改变；
1.3.2 生长发育所要求的生态环境条件，包括温度、湿度、酸碱度、光照、空气等；
1.3.3 是否为生态环境中的组成部分，对农田土壤、植被、陆地、草地、水域环境的影响；
1.3.4 是否具有生态特异性，如在环境中的适应性等；
1.3.5 与生态系统中其他微生物的生态关系，包括生态环境的改变对这种（些）关系的影响以及是否会因此而产生或增加对人类健康和生态环境的不利影响；
1.3.6 与生态系统中其他生物（植物和动物）的生态关系，包括生态环境的改变对这种（些）关系的影响以及是否会因此而产生或增加对人类健康或生态环境的不利影响。
1.3.7 对生态环境的影响及其潜在危险程度；
1.3.8 涉及到国内非通常种植（养殖）的动植物物种时，应详细描述该动物（植物）的自然生境和有关其天然捕食者、寄生物、竞争物和共生物的资料。
1.4 受体微生物的遗传变异：
1.4.1 遗传稳定性；
1.4.2 质粒状况，质粒的稳定性及其潜在危险程度；
1.4.3 转座子和转座因子状况及其潜在危险程度；
1.4.4 是否有发生遗传变异而对人类健康或生态环境产生不利影响的可能性；
1.4.5 在自然条件下与其他微生物（特别是病原体）进行遗传物质交换的可能性；
1.4.6 在自然条件下与植物进行遗传物质交换的可能性；
1.4.7 在自然条件下与动物进行遗传物质交换的可能性。
1.5 受体微生物的监测方法和监控的可能性。
1.6 受体微生物的其他资料。
1.7 根据本办法第十一条有关标准确定受体微生物的安全等级。
2 基因操作的安全性评价
2.1 转基因微生物中引入或修饰性状和特性的叙述。
2.2 实际插入或删除序列的资料：
2.2.1 插入序列的大小和结构，确定其特性的分析方法
2.2.2 删除区域的大小和功能。
2.2.3 目的基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列；
2.2.4 插入序列的拷贝数。
2.3 目的基因与载体构建的图谱；载体的名称和来源，载体特性和安全性，能否向自然界中不含有该类基因的微生物转移。
2.4 载体中插入区域各片段的资料：
2.4.1 启动子和终止子的大小、功能及其供体生物的名称；
2.4.2 标记基因和报告基因的大小、功能及其供体生物的名称；
2.4.3 其他表达调控序列的名称及其来源（如人工合成或供体生物名称）。
2.5 基因操作方法。
2.6 目的基因表达的稳定性。
2.7 目的基因的检测和鉴定技术。
2.8 重组ＤＮＡ分子的结构、复制特性和安全性。
2.9 根据本办法第十二条有关标准确定基因操作的安全类型。
3 转基因微生物的安全性评价
3.1 转基因微生物的生物学特性；应用目的；在自然界的存活能力；遗传物质转移到其他生物体的能力和可能后果；监测方法和监控的可能性。
3.2 转基因微生物对人类的安全性。
3.2.1 人类接触的可能性及其危险性，有可能产生的直接影响、短期影响和长期影响，对所产生的不利影响的消除途径。
3.2.2 广泛应用后的潜在危险性。
3.3 转基因微生物对生态环境的安全性。
3.3.1 在环境中释放的范围、可能存在的范围以及对环境中哪些因素存在影响；
3.3.2 影响转基因微生物存活、增殖和传播的理化因素；
3.3.3 转基因微生物的稳定性、竞争性、生存能力、变异性以及致病性是否因外界环境条件的改变而改变。
3.4 转基因微生物的检测和鉴定技术。
3.5 根据本办法第十三条有关标准确定转基因微生物的安全等级。
4 其他转基因微生物产品的安全性评价
4.1 转基因微生物产品的稳定性。
4.2 生产、加工活动对转基因微生物安全性的影响。
4.3 转基因微生物产品与转基因微生物在环境安全性方面的差异。
4.4 转基因微生物产品与转基因微生物在对人类健康影响方面的差异。
4.5 参照本办法第十四条有关标准划分其他转基因微生物产品的安全等级。
(二) 其他转基因微生物试验方案
1 试验地点
1.1 提供试验地点的气象资料、试验地点的地形环境的一般性描述、标明试验地点的示意图。
1.2 试验地周围的生态类型。
1.3 试验地点周围的相关生物种类。
1.4 试验地点的生态环境对该转基因微生物的存活、繁殖、扩散和传播的有利或不利因素，特别是环境中其它生物从该转基因微生物获得目的基因的可能性。
2 试验设计
2.1 试验的起止时间。
2.2 转基因微生物的名称或编号。
2.3 转基因微生物在各试验地点的规模。
2.4 试验区域的大小。
2.5 转基因微生物的应用。
2.6 转基因微生物的生产、包装及贮运至试验地方式。
2.7 转基因微生物的使用方法及剂量，未使用的部分的处置方式。
3 安全控制措施
3.1 试验生物的安全隔离。
3.1.1 隔离方式、隔离距离；
3.1.2 防止转基因微生物扩散的措施；
3.1.3 试验过程的安全控制措施；
3.1.4 试验过程中出现意外事故的应急措施。
3.2 试验生物的培养和试验结束后的处理方式。
3.3 试验结束后对试验场所的监控措施。
3.4 试验结束后的监控年限。
3.5 试验的监控负责人及其联系方式。
(三) 其他转基因微生物各阶段申报要求
1 中间试验的报告要求
1.1 项目名称：应包含目的基因名称、转基因微生物名称、试验所在省（市、自治区）名称和试验阶段名称四个部分。如：转***基因***（微生物名称）在河南省的中间试验。
1.2 试验转基因微生物材料数量：一份报告书中菌株不超过20个。这些菌株应当是由同一种受体微生物(受体菌株不超过5个)、相同的目的基因、相同的基因操作所获得的，而且每个转基因菌株都应有明确的名称或编号。
1.3 试验地点和规模：不超过2个省(市、区)，每省不超过3个点。总规模不超过100升（公斤）发酵产品（样品）或者陆地面积不超过4亩。试验地点应当明确试验所在的省（市、自治区）、县（市）、乡、村。
1.4 试验年限：一般为一至二年。
1.5 报告中间试验一般应当提供以下相关附件资料：
1.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推导的氨基酸序列；
1.5.2 目的基因与载体构建的图谱；
1.5.3 试验地点的位置图和试验隔离图；
1.5.4 试验设计(包括安全评价的主要指标和研究方法等，如转基因微生物的稳定性、竞争性、生存适应能力等)。
2 环境释放的申报要求
2.1 项目名称：应包含目的基因名称、转基因微生物名称、试验所在省（市、自治区）名称和试验阶段名称四个部分。如转***基因***（微生物名称）在江苏省和河北省的环境释放。
2.2 试验转基因微生物材料数量：一份申报书中菌株不超过5个，这些菌株应当是由同一种受体微生物、相同的目的基因、相同的基因操作所获得的，其名称或编号应与中间试验阶段的相对应。
2.3 试验地点和规模：不超过2个省(市、自治区)，每省不超过5个点。总规模为100～1000升（公斤）发酵产品（样品）或者陆地面积为4～30亩。试验地点应当明确试验所在的省（市、自治区）、县（市）、乡、村。
2.4 试验年限：一次申请环境释放的期限一般为一至二年。
2.5 申请环境释放一般应当提供以下相关附件资料：
2.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推导的氨基酸序列图；
2.5.2 目的基因与载体构建的图谱；
2.5.3 提供中间试验阶段安全性评价试验报告；
2.5.4 毒理学检测报告(如急性、亚急性、慢性实验，致突变、致畸变试验等)；
2.5.5 试验地点的位置图和试验隔离图；
2.5.6 试验设计(包括安全评价的主要指标和研究方法等，如转基因微生物的稳定性、竞争性、生存适应能力等)。
3 生产性试验的申报要求
3.1 项目名称：应包含目的基因名称、转基因微生物名称、试验所在省（市、自治区）名称和试验阶段名称四个部分。如转***基因***（微生物名称）在山东省的生产性试验。
3.2 试验转基因微生物材料数量：一份申报书只能申请1个转基因微生物株系（品系），其名称应与前期试验阶段的名称或编号相对应。
3.3 试验地点和规模：应在批准进行过环境释放的省（市、自治区）进行，不超过2个省(市、自治区)，每个省不超过3个点。总规模大于1000升（公斤）发酵产品（样品）或者陆地面积大于30亩。试验地点应当明确试验所在的省（市、自治区）、县（市）、乡、村。
3.4 试验年限：一次申请生产性试验的期限一般为一至两年。
3.5 申请生产性试验一般应当提供以下相关附件资料：
3.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推导的氨基酸序列图；
3.5.2 目的基因与载体构建的图谱；
3.5.3 环境释放阶段审批书的复印件；
3.5.4 中间试验和环境释放阶段安全性评价试验的总结报告；
3.5.5 食品安全性检测报告(如急性、亚急性、慢性实验，致突变、致畸变实验等毒理学报告)；
3.5.6 通过监测，目的基因或转基因微生物向环境中转移情况的报告；
3.5.7 试验地点的位置图和试验隔离图；
3.5.8 试验设计 (包括安全评价的主要指标和研究方法等，如转基因微生物的稳定性、竞争性、生存适应能力、外源基因在靶动物体内的表达和消长关系等)。
4 安全证书的申报要求
4.1 项目名称：应包含目的基因名称、转基因微生物名称、安全证书应用所在省（市、自治区）名称等部分。如：转***基因***（微生物名称）在***省(市、区)的安全证书。
4.2 一份申报书只能申请1个转基因微生物株系（品系），其名称和编号应当与前期试验阶段的相对应。
4.3 一个转基因微生物株系（品系）应在已批准生产性试验的1个省级行政区域申请一个安全证书。
4.4 一次申请安全证书的使用期限一般不超过五年。
4.5 申请安全证书一般应当提供以下相关附件资料：
4.5.1 目的基因的核苷酸序列或其推导的氨基酸序列；
4.5.2 目的基因、载体图谱与转基因微生物构建的技术路线；
4.5.3 环境释放和生产性试验阶段审批书的复印件；
4.5.4 中间试验、环境释放和生产性试验阶段安全性评价试验总结报告；
4.5.5 转基因微生物对人体健康、环境和生态安全影响的综合性评价报告；
4.5.6 该类转基因微生物在国内外生产应用的概况；
4.5.7 转基因微生物检测鉴定技术；
4.5.8 转基因微生物的长期环境影响监控方法；
4.5.9 审查所需的其它相关资料。
4.6 申请安全证书的转基因微生物应当经农业部批准进行生产性试验，并在试验结束后方可申请。
