由于美国是联邦制国家，全国范围内或者州与州之间的食品监督执法由联邦政府负责，各州内的食品安全监管工作主要由州政府负责。从联邦政府的角度而言，当前美国的食品安全监管体制是一种相对集中的体制，按照产品种类进行职责分工，即不同种类的食品由不同的部门管理，该部门负责与该种食品所有活动的监管，包括种植、养殖、生产加工、销售、进口等。主管部门主要有两个，农业部与食品药品监管局（FDA）。两部门之间有着良好的合作关系，达成了执法合作备忘录，并且每个月都要会晤，既分工，又合作，确实能够达到保证食品安全的良好效果。
一、联邦政府负责食品安全的部门
除了上述两个主要部门外，还有至少十二个联邦机构在食品安全监管体制中扮演辅助或者支持性的角色。它们包括：农业部的农业市场服务局，农业部的谷物、打包机和畜栏管理局（Grain Inspection ,Packer Stockyard Administration, GIPSA）；农业部的风险评估与成本收益分析办公室(Office of Risk Assessment and Cost-Benefit Analysis)；商务部的国家海产品服务局(NMFS)，农业部的农业研究服务局（ARS），农业部的州际科研、教育合作与延伸服务局（CSREES），农业部动植物健康监测服务局（APHIS），农业部的经济研究服务局（ERS），财政部的酒类、烟草和轻武器管理局（ATF），联邦贸易委员会（FTC）以及美国海关。
（一）食品药品监管局（FDA）的食品安全监管职责
食品药品监管局（FDA）通过其“食品安全与实用营养学中心”（Center for Food Safety and Applied Nutrition，CFSAN），负责监管80%的食品，即除肉类、禽类以外的食品，包括进口到美国的相应食品，并发放除农药以外的用于食品的化工原料的许可证。
FDA与食品安全相关的经费预算和人员，比农业部“食品安全监督服务局”少得多。监督食品生产者是否按照标准进行生产加工是一件极其耗费人力的事情，FDA并没有足够的人手去监管所有的食品生产者。因此，FDA关于食品的执法不象农业部那样频繁，一年检查企业一次是很平常的事。但是，检查又是FDA一种主要的执法手段。FDA 监管大约5万家食品生产者或者食品货栈，但是，其官员只是隔上几年去拜访其中的几家。
FDA主要通过颁布食品标准来监管。为了防止食物受到污染而感染有害的微生物，或者因本身生长的原因而产生有害病菌而对人体造成剧烈的毒性危害，FDA针对食品的选择、准备、储存以及食品原料和成品的运输，制定、执行一系列的标准。该机构颁布了所有食品生产者都应当遵守的“良好生产规范”（good manufacturing practices），还针对特定的食品制定了相应类别的标准，例如针对低酸的罐装食品的标准。
就国内的食品而言，FDA不对食品实施许可，一般是由州政府或者其他地方政府发放许可证，FDA只对企业进行不定期的抽查。FDA要求所有的食品都必须实施GMP；制定了海产品和果汁的HACCP规定。2002年的《反生物恐怖法》要求FDA在该法施行18个月以内完成对所有的国内食品企业和进口食品企业的登记工作。
就进口食品而言，FDA只对婴儿配方食品、酸奶以及蚝等活海鲜实施许可证管理；FDA对进口食品生产企业实施现场监督检查，每年去15至20个国家进行现场检查；所有的进口食品在进入美国时，都要在关口接受FDA的抽查，未经FDA检查并合格的，海关不得放行。
实验室检测是FDA一种重要的监督管理方式。FDA共有12个实验室，分布在全国5个地区。每个实验室负责为本地区的FDA地区办公室以及执法人员的执法活动服务，不向社会提供服务。FDA的实验室在实施检测活动时，一般会保留同样多的样品，以供当事人再次检测使用。如果当事人不服FDA的实验室的检测结果的，可以聘请社会上的实验室再次检验，而不得再次请FDA的实验室检测。如果两次检测的结果不同的，当事人可以申请FDA总部裁决，或者提请法院审查。
为了及时应对食源性疾病，FDA与国家疾病预防控制中心（CDC）还有密切的合作。FDA有CDC的官员常驻，CDC也有FDA的官员常驻。双方在食源性疾病的信息方面互通有无。二者都属于“卫生与人类健康服务部”。
FDA还通过对兽药和饲料进行监管来保证食品安全，因为有的兽药能够通过控制动物体内的微生物来减少或者避免人感染食源性疾病，有的则产生有害的残留通过食物链进入人体。FDA设有一个兽药中心，负责对新上市的兽药进行审批，并与和农业部进行合作，对兽药的使用进行监控以减少兽药残留所带来的风险。
（二）农业部的食品安全监管职责
农业部的食品安全监管活动由负责食品安全的副部长（Under Secretary for Food Safety）负责领导。负责食品安全的副部长是于1994年专门为了推动农业部与农业有关的食品安全工作而新设立的一个职位。农业部底下的“食品安全监督服务局”（Food Safety and Inspection Service），负责执行食品安全法律，管理国内和进口肉、禽产品；对用作食品的动物屠宰前和屠宰后进行检验；检验肉、禽屠宰厂和肉、禽加工厂；与美国农业部市场服务局合作监测和检验加工的蛋制品；收集和分析食品样品，进行微生物和化学污染物、感染物和毒素监测和检验；在准备、包装肉、禽产品、热加工和其他处理时，建立食品添加剂和食品其他配料使用的生产标准；建立工厂卫生标准，确保所有进口到美国的外国肉、禽加工符合美国标准；肉、禽加工者对其加工的不安全产品自愿召回；资助肉、禽加工食品安全的研究；教育行业和消费者安全的食品处理规程。
FSIS拥有人数最多的食品安全监管队伍，对畜类和禽类食品及其标签拥有绝对的监管权。将88%的人头经费（1998年是3.27亿美元）用于畜类和禽类的加工厂的监管，雇用了7300名全职的监督人员驻在6200个畜类和禽类加工厂。FSIS与FDA的一个最大的区别是：FDA只是不定期地对食品进行检查，而且FSIS则要求其监管人员对畜类和禽类加工厂加工的全过程进行监督。
FSIS负责发放大多数畜类、禽类食品的标签许可，而FDA不对单个的食品的标签进行审批。FSIS还对肉类、禽类产品的化学物质残留（包括直接投放到有关动物体内的兽药、杀虫剂等化学物质）进行监管。环保局负责制定这些化学物质的残留标准。FSIS与FDA在畜类、禽类食品的监管问题有分工：前者负责畜类、禽类食品加工环节的监督，后者负责畜类、禽类食品市场流通不节的监管。
农业部与食品安全有关的部门还有：农业市场服务局，负责对鸡蛋进行分级的自愿认证体系，用于农业的生物技术产品，以及发放使用转基因杀虫剂的许可证；动植物健康监测服务局，负责监测动物植物疫病；农业研究服务局（ARS）和州际科研、教育合作与延伸服务局管理的农业科研活动中包括一部分食品安全相关研究。农业部1998年花在食品安全问题上研究经费是六千万美元，比其他部门的要多得多。
农业部还负责对进口的肉类和禽类食品的管理；农业部派官员到进口肉类和禽类食品到美国的企业进行现场检查，以确保其达到美国的相关标准与要求；符合要求的，方可允许向美国出口，并将有关企业的名单公布。进口食品在入关前还要进行检测，合格的方可入关。检测不合格的，进口商召回到出口国。如果在入关后发现不合格的，农业部将予以销毁。
（三）其他与食品安全有关的联邦政府机构
1、环保局
环保局是一个独立的联邦机构，负责保护公众免受环境污染的伤害。根据《联邦杀虫剂、杀真菌剂和灭鼠药法》的规定，环保局负责对用于庄稼的农药进行审批，并制定食物中农药的残留限量标准。FDA和FSIS负责执行这些标准。此外，环保局还负责制定安全饮用水的标准；管理有毒物质和废物，预防其进入环境和食物链；帮助各州监测饮用水的质量，探求预防饮用水污染的途径。
2、酒类、烟草和火器管理局
财政部底下的酒类、烟草和火器管理局负责对大多数的酒精饮料（精馏酒精、葡萄酒和啤酒）进行监管：管理这些饮料的命名、标签，制定相关的标准。酒类中的农药残留限量标准由环保局制定，但是由FDA执行。FDA 还负责监管酒精度低于7%的酒和烹饪用的酒以及酒中的添加剂的管理。
3、联邦贸易委员会
根据1938年修改的《联邦贸易委员会法》的规定，联邦贸易委员会负责食品广告的管理。
4、疾病预防控制中心
疾病预防和控制中心（CDC）与食品安全有关的职责有：调查食源性疾病的爆发；维护国家范围食源性疾病调查的体系；设计、采取快速行动、电子系统报道食源性感染；与其他机构合作监测食源性疾病爆发的速率和趋势；开发快速检验病原菌的技术、制定公众健康方针预防食源性疾病；开展研究，帮助预防食源性疾病；培训地方和州的食品安全人员。
5、国家海洋和大气管理局
商业部底下的国家海洋和大气管理局，通过“收费的海鲜检查计划”，检查渔船、海鲜加工厂和零售店是否国家卫生标准，并颁发许可证。
二、各州的食品安全监管机构
美国是联邦制国家，联邦政府与州政府有着各自的权力范围。前者负责跨州的或者全国性的食品安全管理事务，后者负责本州内的食品安全管理事务。各州议会都制定了相关的法律，对本州的食品安全管理体制作出了规定。大部分州都有自己的“小联邦贸易法”（little Federal Trade Commission Act）对州的食品广告管理问题作出了规定。这些法律主要以联邦的法律为模版，有的还提出了更为严格的要求。各州的食品由州的卫生部或者几个州政府的职能机构负责监管。
一般而言，州政府的卫生部负责对下级卫生部门进行指导、咨询，并培训卫生监督管理员以及从事食品服务业的人员。市、县政府的卫生部门负责监督本地区的食品服务业（food service）（餐馆、单位食堂以及食品摊贩等）、食品生产加工企业。
州政府负责食品监督的部门与农业部、FDA和环保局等联邦机构在各州的分支机构进行合作。例如，目前有28个州制定了肉类和禽类食品监督管理计划，与农业部的官员进行联合执法。联邦机构对州政府的食品管理人员进行培训，帮助其掌握有关知识和技能。
各州的法律对违法行为处罚较严。例如，新哈芬市的地方性法规规定：任何没有取得许可证或者许可证被吊销后从事食品服务业的，将被判为轻罪，罚款不超过100美元，或者监禁不超过90天，或者两种处罚都适用。违法行为持续的，每一天都将构成一个足以处罚法的违法行为。
