新西兰渔业部（The Ministry ofFisheries）是新政府负责渔业资源的保护和合理利用，以及渔业生产监督和管理的主管部门。在渔业部指导下，有一个行业性组织------渔业产业理事会（The
New Zealand Seafood Industry Council Ltd，简称SeaFIC）代表行业利益，对渔业捕捞、养殖、加工和贸易、零售企业进行行业协调管理，包括向政府提供行业政策、技术标准、配额数量及价格、国际贸易谈判等方面的建议，制定相关规则，以及在市场拓展、配额登记和转让、统计、信息、管理等方面提供咨询和服务。
新西兰历史上有一个保护毛利人权利的《威坦哲条约》。根据该条约的精神，在毛利人长期争取下，新政府在1989年成立了一个毛利渔业委员会，规定新西兰新增渔业配额的20％归毛利人所有，由毛利人渔业委员会管理和经营。该委员会1992年更名为威坦哲条约渔业委员会（TheTreaty of Waitangi FisheriesCommission，毛利文简称为TOKM）。目前新西兰约1/3的商业捕捞配额在TOKM的支配之下。它负责每一年它所拥有的渔业捕捞配额的分配（发租）工作。1999年TOKM的年营业额已经达到3.24亿新元，在新西兰最大的200家企业中列第60位，资产列第36位。
新西兰渔业捕捞具体管理体制比较复杂。所有在新西兰海区经营商业捕捞的企业、团体或个人，都要申请捕捞许可证，进行渔船登记、捕捞作业区域登记和申领年度捕捞配额和可捕捞量。每一种鱼类的可捕捞配额、配额费用等的计算都有一套公式。对非配额管理的鱼种，也必须经申请获得许可，领取每年的可捕捞量，在指定的海区进行捕捞。获得许可进行商业性捕捞的企业，要根据协议定期报告作业情况和捕捞的数量，交纳有关的费用，等等。配额和年度可捕捞量的转让也必须提前申请和进行登记。目前，新西兰的商业捕鱼企业和渔船的登记、配额申领或允许捕捞量、配额的转让等，均由一家名为商业捕鱼服务有限公司（CommercialFisheries ServicesLtd.，简称FishServe）的企业统一承办。欲进行商业捕捞的公司或个人，首先要成为FishServe的注册客户或委托人。据称，自1986年新西兰渔业结构重组以后，大部分的鱼贝类商业捕捞配额都被控制在少数几家公司和机构手中，他们是Sealord Products Ltd，Sanford Limited，Talley/AMALTAL，Vela Ltd和Moana Pacific Ltd，以及海产品工业协会（Seafood IndustryConsortium）的一些主要会员。
