加拿大水产品的管理实行双部门负责制，一个是加拿大农业与农业食品部下属的加拿大食品检验局（CFIA），另一个是加拿大海洋水产部。
CFIA及其遍布全国的分支机构，根据《加拿大联邦水产检验法》，对水产品安全实施有效管理。根据CFIA的规定，自1992年起，在加拿大水产品加工企业强制执行《质量管理计划》，CFIA负责对水产品进行检验、预认可、注册、发许可证，并提供相关服务和强制执行，以促进食品安全、消费者保护和市场准入。这一规定说明，加拿大对水产品的安全质量控制，比肉类、乳制品等更严格，因为水产品以外的食品企业，至今仍是自愿执行《质量管理计划》。
加拿大根据水产品的特点，将其食用风险分为四类：第一类是“高风险”类，主要是熏鱼、烤鱼，这类加工后的水产品，很容易出现微生物、细菌超标；第二类是“中等风险”类，主要是真空包装的罐头，加拿大罐头类水产品销量很高，这类产品容易出现李氏杆菌、沙门氏杆菌等污染；第三类是“低风险”类，主要是冰冻和冰鲜水产品，这类产品必须保存在规定的温度内，以防止变质，变质的水产品可能引起食物中毒。
