据6月11日出版的《环球时报》报道，德国政府公共卫生机构10日宣布，德国已确认受污染的豆芽是本次大规模出血性大肠杆菌疫情的病菌来源。同时，德国解除了对西红柿、黄瓜和生菜的"警告令"。
据德国《明镜》周刊等媒体10日报道，德国负责疾病防治工作的联邦机构罗伯特·科赫研究所、德国联邦消费者保护部和德国联邦风险评估研究所于当地时间10日上午联合举行有关大肠杆菌疫情的新闻发布会。罗伯特·科赫研究所主席赖因哈德·布格尔宣布："它们是豆芽。"目前，调查人员已经认定，德国本地土产的豆芽菜正是致命大肠杆菌疫情的罪魁祸首。此外，罗伯特·科赫研究所还宣布解除对西红柿、黄瓜和生菜的"警告令",同时仍然维持对吃生豆芽的警告。5月中旬，德国发生因感染出血性大肠杆菌而死亡的病例。德国汉堡卫生机构一度称病菌源头为产自西班牙的"毒黄瓜",后来否认了这一判断。目前这场疫情已导致德国30人死亡，近3000人感染入院。疫情已经扩散到欧美十多个国家。
德国下萨克森州农业部门5日曾怀疑该州于尔岑的一家农场出产的生豆芽是这波疫情的"罪魁祸首".据称，患者中有17人曾在吕贝克一家叫"土豆窖"的餐馆用餐。其中一个来自瑞典的旅游团30人中有11人感染致命病菌。这些游客都点了牛排、含豆芽的生菜色拉等。这些豆芽就来自上述农场。这家农场还曾向汉堡、石荷州等疫情较重的地区供应生豆芽。农场的一名女职工已被确诊感染出血性大肠杆菌。然而，6日下午，该农业部门态度突然180度大转变，称实验室初步抽查并未发现证据证明农场出产的豆芽是病菌源头。
这波大肠杆菌疫情的肆虐给欧洲农业造成严重打击，德国、西班牙等国农户受损严重，整个欧洲也由于遭多国禁止进口蔬菜而陷入一片愁云惨雾。欧盟8日宣布为受影响的菜农提供2100万欧元的补偿金。这笔资金将面向5月26日至6月底提出赔偿申请的菜农。同时，西班牙已表示，不会向德国政府提出索赔控告。
虽然德国官方宣布"毒豆芽"为大肠杆菌疫情元凶，但德国民间仍将信将疑。德国《明镜》周刊称，这还是"理论上的说法".很多民众也持怀疑态度，不知道德国专家过两天会不会又推翻自己的结论。在德华人则担心，德国媒体会不会又把中国与"毒豆芽"扯上关系。此前，德国《图片报》以"种子来自亚洲，大肠杆菌病菌来自中国"为题称，"中国红豆导致豆芽感染病菌",德国于尔岑的农场曾称从中国进口红豆。
