为保护智利的农业，林业和动物的健康，智利农业部非常重视入境携带动植物检疫。旅客入境前，首先要填写申报卡，声明是否在过去72小时内接触过农场或实验动物，声明自己是否携带有动植物及其产品，然后通过人工开箱（包）检查、X光机和检疫犬对旅客携带物实施抽查。旅客包括18岁以下的未成年人，申明卡可由代理人填写。
需要申报的动植物及其产品实际上包括：任何一种新鲜的，干燥的或脱水的水果或蔬菜；任何一种植物繁殖材料，包括但不限于活的植物，植物部分，插条和球茎等；任何一种种子，包括两种用途的种子；任何一种香料，草本植物或植物源性调味品；土壤或任何一种可能携带土壤的植物产品；任何一种木制装饰品或木雕饰品；任何一种松果；任何一种生物材料；各种活动物，害虫，鸟类等；各种新鲜的肉类和/或肉类制品；各种动物源性日常消费用食品，例如鲜奶，奶酪，黄油，蛋类；蜂蜜，花粉，蜂蛹；任何其他繁殖材料，例如精液。根据智利现行法律，所作的书面陈述如果未能证明是事实，可被认为是犯罪并将被处以罚款。
智利禁止入境的植物及其产品包括：水果、蔬菜、草本植物、植株、块茎、鳞茎、种子、枝条、插条、土壤、切花、工艺品、木制品、其他植物产品、杀虫剂和肥料。
智利禁止入境的动物及其产品包括：动物、鸟类、蜜蜂、蜂蜜、奶酪、奶和/或奶制品、精液、胚胎、兽药（疫苗，诊断试剂盒，抗生素，药物洗发剂，等）、其他动物源性、供动物用的产品或副产品（例如各种食物）。还包括：植物/或动物物种、源于具有灭绝风险的物种的副产品、列入《濒危野生动植物物种国际贸易公约》名单中的动植物和动植物产品。
