为了抑制农产品病虫害的传播，保护本国农牧副业的健康发展和市场安全，各国对进口农产品都提出了严格的检疫要求。菲律宾对不同的进口农产品，有着不同的装运前检疫要求。
进口苹果、柑橘等水果类的装运前检疫要求：
货物须从原产地以封存的冷藏柜运输，在运输途中不允许开箱；原产地签发的植物卫生证明须随货物同行；在随同的出口文件中须注明封存号；证明水果未染有COdling Moth（幼果蛾）、Apple maggot（苹果蛆）San JOse Seale（圣琼斯介壳虫）的附加澄清文件。同时，在随行的植物卫生证明的附加澄清文件中须注明进口许可证编号。
进口洋葱、大蒜等蔬菜类的装运前要求：将大蒜以1.5克/立方米浓度的磷化氢气体在28摄氏度下熏蒸72小时。该处理过程须在随运的植物卫生文件中注明。
对进口杂交水稻种子的进关前要求：
在签发进口许可和实际进口之前，出口商要联系检验检疫部门制订检疫工作安排。菲律宾植物检疫官员须在原产地进行澄清工作，如在杂交水稻生长的合适的阶段，在生长田间进行虫害观察和评估；监督中国种子健康部门进行日常的种子健康试验；监督以下用以杀死（清除）已发现目标害虫的必要措施（以Phostoxin熏剂熏蒸稻种、货垫、船舱和集装箱；热水处理稻种以杀灭白顶线虫；施用杀菌剂和杀虫剂；次氯酸钠处理以杀灭水稻黑穗病）。种子须经清检，不含杂草和其他掺杂物，须由国家种子健康部门签发健康证明。上述工作须在中国国家植物检疫部门的紧密协调下进行。中国国家植物检疫部门签发的植物卫生证书和中国国家种子健康机构出具的杂草分析证书须与货物随运。货物一经抵达菲律宾，还须经菲律宾植物检疫检查，如果发现异常，对该批货物仍将采取适当的处理措施。
