需过反垄断审查关
双方的联盟需要通过商务部的反垄断审查。此次联盟后饮料市场的竞争格局的改变备受关注。
资料显示，2010年，康师傅已经提前3年实现了赶上可口可乐的目标。去年6月康师傅CFO林清棠曾对外公开表示，与可口可乐的竞争，康师傅的策略是“短线赢在效率、长线赢在规模”，以康师傅对于中华文化的了解，以及市场需求的反应速度，都远在可口可乐之上。康师傅董事会主席魏应州今年3月份曾经提到，现在公司与可口可乐的销量比是1比1，五年后要变成2比1。
商务部国际贸易经济合作研究院跨国公司研究中心主任何曼青对《第一财经日报》记者表示，双方的联盟可能在经营者集中方面存在一定的问题。
企业文化融合之难
台资企业与美资企业文化之间巨大的差异也可能是日后整合的一大挑战。李保均对本报记者表示，台资企业讲求效率、更高的单位产出，管理也更加严格，二者联盟之后百事瓶装厂体系员工数量的削减很难避免，能否做好两家企业之间文化的融合，是整合的关键，但是康师傅20多年来更多依靠的是内生性扩张，甚少进行对外并购，如何消化好并购企业无先例可循。
“文化和管理上的冲突是最大的挑战”，福来品牌营销顾问机构董事长娄向鹏对本报记者表示，康师傅在大陆市场上更加本土化，这与本质上身为美资企业的百事有着巨大的差异。
亏损的压力
康师傅能否通过大刀阔斧的整合尽快使百事瓶装厂体系扭亏也存在诸多变数。
由于原材料成本大幅增加影响盈利能力，2009年，百事在华瓶装厂业务的税后亏损额为4550万美元，2010年底，这一亏损急剧扩大到1.756亿美元。
有分析人士指出，2009年当大多数饮料厂赚钱之际,百事可乐中国瓶装厂业务却出现亏损，而2010年通胀压力还并不严重时,亏损情况却超出预期，这说明除了成本上升压力外,在百事全球第二大的中国市场上其还面临销售成本高、管理层能力弱等问题。
康师傅能否尽快取得整合效果以使百事瓶装厂体系尽快扭亏，这是考量二者联盟效果的重要指标。娄向鹏对本报记者表示，百事在中国市场的诸多现状将会反过来制约康师傅对百事瓶装厂体系的整合效果，他指出，由于百事在中国的不少合资企业都是中方控股，这意味着如果康师傅今后想对这些瓶装厂进行改造或者与其原有的生产资源进行整合，将不得不面临着与大陆股东之间的协调问题。
此外，康师傅原有的果汁等产品与百事的部分产品品类有所重合，将来康师傅的果汁等产品如何进行定位还存在一定的不确定性，“这也可能带来潜在的品牌冲突”。
