我们生活的世界由不同的微小生物组成的，在这个世界中微生物有很多机会接触到我们的食物中。许多食物病原微生物都存在在健康的动物中 ( 一般在肠道内 ) ，从而进入到食物中。肉和家畜类均能在屠宰过程中被污染了细菌。
类似的，如果使用动物或人类污水进行清洗或灌溉，也可以污染新鲜的水果和蔬菜。一些沙门氏菌属的菌可以感染母鸡卵巢，导致看似正常的鸡蛋在未形成壳时被感染。牡蛎及其他渗透进食的甲壳类动物可以被自然存在在海水中的弧菌所感染，或是其他的排入海水中的人类污水中存在的细菌所污染。
在食物的加工过程中，食物病原体是可通过生产线的环境污染感染到食物中的。感染的食物可以通过操作不当或生熟制品的交联感染等方式感染。比如志贺氏杆菌，肝炎病毒 A 和诺沃克因子都可以通过食物加工者忽略卫生条件从而进行传播。在厨房中，食物之间是可以互相传播的，通过使用相同的刀子，案板等器皿。一个完全加工好的食物也可通过接触含病菌的生制品的表面而进行再度感染细菌。
食品被污染后的处理方法决定了疾病是否会爆发。许多细菌需要在食物中大量繁殖才可导致疾病的爆发。在营养充分的湿热的条件下，一个细菌可以在 12 小时内以每半个小时繁殖 160 亿的速度迅速增长。因此前一天晚上剩下的食物所存在的很大的致病风险。另外，如果食物迅速的放在冰箱中冷冻，细菌便不再繁殖。大体来说，冷藏或冷冻可以抑制所有细菌的生长和繁殖，当然也有例外的情况。比如李斯特单杆菌和耶尔森杆菌就能在冷藏的温度下生长。此外，高盐，高糖，高酸都可以抑制细菌的生长，这就是为什么腌肉，果酱，泡菜等是被大家公认的可长期保存的食物。
微生物 可以通过加热的方法被杀死。如果食物的所有部位可以在大于 78 度的加热条件下持续几秒钟，所有的寄生虫，病毒和细菌基本都可以被有效的杀死，除了杆状细菌和棱状菌。因为它们都是抗热型的孢子菌。只要在温度达到沸点以上时候，孢子才可能被杀死。这就是为什么在罐头制品中高温高压是必须的一个加工过程。
细菌产生的毒素和它们对热的敏感度有关。产生呕吐现象的金色葡萄球菌毒素在加热以后仍旧存在。值得庆幸的是，引起波特淋菌中毒的毒素可以在达到沸点的加热状况后完全失活。
