我国农药残留检测目前存在两大主要问题。首先是缺乏同时测定上百种农药的多残留分析技术，而美国食品和药品管理局的多残留分析方法可检测360多种农药，德国可检测325种农药，加拿大可检测251种农药。其次，我国农业、技监、卫生、消协各系统都有农药检测机构，但仪器设备参差不齐，测试品种、说法不一，而少数有技术实力的独立机构和实验室还没整合进食品管理体系，它们的检测结果无法送交有关部门。
上海市专家最近发现，上海市有一些独立机构和实验室有足够的技术实力检测食品中300种农药的残留量，但由于食品管理体制尚未理顺，它们的检测资源没有得到充分开发。针对这些问题，专家认为，目前应尽快理顺现有的食品监督体制，改变各系统农药检测机构各自为政的现象，邀请权威的独立机构和高校检测中心加盟，建立起一个资源共享、质量一流的农药检测体系，参考国际标准开展检测工作。
据悉，这些建议已得到上海市食品药品监督管理局的重视。据介绍，上海目前正在开展食品安全监督管理机制的试点工作，并在起草的《2005～2007年上海食品安全三年行动计划》中提出，设立食品检测检验体系建设协调小组，协调开展本市食品检验检测资源调查和资源共享等工作。为提升检测实力，上海市还将在2007年以前建成一定数量的得到国际实验室认可的食品安全检验实验室。此外，由上海市食品安全联席会议办公室牵头编制的《2005年食品安全监管工作意见》，也将完善食品检验检测技术体系作为加强食品安全监管的长效管理措施之一。
全国政协委员、九三学社成员张鉴祖也在九三学社上海市委课题组调研基础上向全国政协十届三次会议提交了提案———《关于食品中农药残留危及人类健康，需建立快速、正确、全面的检验方法并加以强有力的管理》。从农业部的答复中获悉，国家认证认可监督管理委员会、农业部、卫生部、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理局等部门正在通力合作，对国家食品检测资源进行调查，建立国家食品检验检测资源信息数据平台，为实现食品检验检测资源共享提供技术平台，希望通过调查和资源共享，避免重复建设和重复检测，充实和提高薄弱环节的检验检测力量。针对农药检测标准不全的问题，农业部表示正在积极与国际接轨，加强标准的制定。
