一、微生物污染
微生物是影响我国食品安全的最主要因素。微生物污染包括细菌性污染、病毒和真菌污染。“我国1990—1999年食物中毒的发生情况表明，微生物性食物中毒居各类食物中毒病原的首位，占食物中毒规模的40%”。而在食品的加工、储存、运输和销售过程中，都易造成微生物污染。
二、化学性污染
食品中新的生物性和化学性污染物对健康的潜在威胁已经成为一个不容忽视的问题。最近几年，各国政府纷纷制定了停止生产和使用部分剧毒化学农药的规章。中国也不例外，然而，2001年2季度国家产品质量监督抽查结果显示，已被禁止使用的两类高毒农药甲胺磷、氧化乐果检出率依然很高。就拿笔者所在的三门县来说，时至今日这两类农药依旧有售，改变的只不过是名称而已。
三、环境污染
“据估计，人类肿瘤的85%~90%为环境因素所致”。通过食物链的富集，人类从食品中摄取了种类繁多的有毒有害物质，严重影响着人体健康。 目前，主要是由于工业三废和城市垃圾的不合理排放，致使我国850条江流、130多个湖泊和近海区域都受到了不同程度的污染。动、植物长期生活在这种环境中，这些有毒物质就会在其体内不断蓄积，使之成为被污染的食品。
四、食品生产经营的规模化和管理水平偏低
近年来，我国食品行业不断发展壮大，已涌现出一批达到良好生产规范的、有实力的企业，但是，这些企业的比重还较低。“据国家质检总局‘两查’调查的60085个生产企业中，100人以下的小型企业占94.9%，10人以下的家庭作坊式的企业或生产厂点占79.4%”。规模小、管理水平低的家庭作坊、食品摊点等仍然是影响食品卫生水平的重要原因。
五、法律保障体系不适应
法律保障体系主要指标准、检测和认证体系。许多食品安全标准的制定没有以风险评估为基础，标准的科学性和可操作性都有待提高。另外，我国食品安全检验机构数量众多，分属不同部门，明显缺乏统一和发展规划。同时，食品认证体系多头管理，它的作用也没有得到应有发挥。
六、法律法规体系不完善
我国虽然有关于食品质量的总体性法规《食品安全法》、《产品质量法》、《农业法》，但这些法律对食品质量都仅作了一些概要性规定，没能充分反映新形势下消费者对食品安全的要求。而且其相互间协调和配套性也不够，可操作性并不强。
七、科技成果不足
食品新技术、新资源的应用给我国食品安全科技水平带来了新的挑战。就拿以基因工程技术为代表的现代生物技术来说，目前我们还不能肯定转基因食品对人体健康的潜在危害。
八、新产品和新技术潜在的风险
近些年来，我国食品的新种类大量增加。很多新型食品在没有经过危险性评估的前提下，就已经在市场上大量销售。其中方便食品和保健食品的安全性尤其值得关注，这些都给食品安全带来了前所未有的挑战。
九、食品安全教育滞后
由于多年来对食品安全关注的欠缺，一方面导致生产者缺乏相应的知识，另一方面导致消费者缺乏自我保护意识。这无疑影响了食品安全的进展。 综上所述，本人认为这就是影响我国食品安全的主要因素，作为政府管理部门理应对症下药，做到有的放矢。唯有如此，才能确保食品安全。
