据《每日邮报》报道，市场上多数乳酸菌制品浪费钱财和时间，少部分甚至对人体健康有害无益。英国食品微生物教授称，多数乳酸菌制品功效被夸大。“乳酸菌中的活性菌才对人体有益，但一些厂家为了宣传夸大了产品的功效。”北京师范大学营养研究中心营养师安健华表示。
“普通乳酸菌要想到达肠胃产生良性作用，首先在销售过程中要保持存活，而且在饮用后还要抵抗胃液、胆汁的强酸性消化作用，所以存活率很低。”中国科学院微生物研究所郭兴华教授指出，有些乳酸菌产品在出厂和初上市时是合格的，可由于产品中的活性菌不能在常温下长时间存活，所以在两三个月后，产品中的活性菌也许一个都不存在了，保健功能尽失。
目前，我国现行的《乳酸菌饮料卫生标准》有三大缺陷：
一是标准中所规定的活性乳酸菌含量与国际标准规定相差10倍(我国将乳酸菌活菌数定为≥100万个/毫升，而国际上的通行标准是活菌数≥1000万个/毫升)；
二是对产品活性菌的检出，没有界定一个合适的时间段和确切的含量，只要在销售过程中有活性菌检出即可；
三是该标准没有明确限定此类产品的保质期及贮存条件等。
