一是有机食品强调的是来自有机农业生产的产品，而绿色食品强调的是出自最佳生态环境的产品。发展有机农业的重要目的是改造由于现代化农业而遭到破坏的农业生产环境，通过转换培育健康、平衡、充满活力的可持续发展的生产系统。因此两者在出发点上有本质区别，即发展有机食品的目的是改造、保护环境，而绿色食品首先是利用没有污染的生态环境。
二是有机食品和绿色食品生产、加工标准不同。有机食品生产过程强调以生态学原理建立多种种养结合、循环再生的完整体系，尽量减少对外部物质的依赖，禁止使用人工合成的农用化学品，而绿色食品标准中却允许使用高效低毒的化学农药，允许使用化学肥料，不拒绝基因工程方法和产品。
三是管理方法不同。有机食品强调生产全过程的管理，其理论依据是有好的过程必定有好的结果，而绿色食品非常注重生产环境和产品的检测结果。在认证管理上，两者也有区别，有机食品要求每年都要接受检查认证，绿色食品一次认证可用几年。
