事件发生后，农业部立即会同国家食品药品监督管理局组成调查组，赴大菱鲆主产地区山东省调查了解水产品养殖用药情况。同时，要求近期派往各地的农产品质量安全督察组，将硝基呋喃类等禁用兽药违规使用情况也列为督察重点。
农业部还立即下发了关于加强水产养殖用药监督管理的紧急通知，要求各地迅速采取措施，开展禁用兽药专项检查，从兽药的生产、销售和使用各环节切实加强监督管理。
农业部有关负责人18日表示，上海市日前在对市场销售的大菱鲆(俗称多宝鱼)进行质量抽检时发现几种禁用药品残留量超标，此事引起社会关注。对此，农业部将组织开展水产品中药物残留专项抽检，对违法使用禁用兽药的水产养殖企业的产品立即扣押，监督销毁。
