全年共对37城市60种蔬菜18523个样品中的农药残留进行了监测，按国家标准判定平均合格率为93.0％，比2005年上升了1.6个百分点。在37城市蔬菜农药残留例行监测中，全年平均合格率在95％以上的城市有：济南、寿光、拉萨、兰州、贵阳、西安、南京、南宁和青岛9个城市。对22城市8801个猪肝等样品中的瘦肉精进行了监测，平均合格率为98.5％，比2005年提高1.3个百分点。在22城市畜产品中瘦肉精污染和磺胺类药物残留例行监测中，全年5次均未检出瘦肉精的有8个城市，分别是北京、福州、沈阳、大连、南宁、重庆、成都和西安，全年5次磺胺类药物监测均合格的有南京、长沙和南昌3个城市。对北京、天津、上海、广州、深圳、郑州、武汉、南昌8城市4种水产品的1200个样品进行了氯霉素监测，平均合格率为98.8％，比2005年提高1.3个百分点。在8城市水产品氯霉素和孔雀石绿污染例行监测中，全年5次均未检出氯霉素的城市是郑州和武汉，监测合格率较高的城市有北京、上海和南昌。2006年农业部首次将孔雀石绿作为水产品例行监测对象。从监测结果看，全年平均合格率为91.0%，合格率由年初的88.1%稳步上升到年底的94.4%。
监测结果表明，我国农产品质量安全总体上是安全、放心的。但是，与城乡居民日益提高的消费要求相比，与技术性贸易壁垒日益加剧的国际贸易形势相比，农产品质量安全工作还存在一定差距。农业部要求各地农业部门要进一步深化认识，针对例行监测结果，突出抓好全程管理、监督监测、强化执法，抓好综合服务和应急处置等工作。全面落实《农产品质量安全法》的各项要求，进一步加强部门间的协调配合，合力推进农产品质量安全监管工作。
