螺旋藻保健品的市场前景较好，但这一产业也存在不少问题。江苏省农业科学院的螺旋藻专家认为，要推动这一产业快速发展，必须尽快解决企业夸大宣传、产品重金属污染和菌落总数超标等问题。而超高压杀菌等技术在提高螺旋藻产品的卫生质量方面，将发挥重要作用。
螺旋藻含有丰富的蛋白质、维生素、不饱和脂肪酸、矿物质、必需氨基酸等多种营养成分，并具有提高人体免疫力等保健功能。但有些企业包括国内的个别知名企业，在推销螺旋藻产品的过程中，刻意夸大宣传、误导消费者，这种误导宣传突出表现为——
一是夸大螺旋藻的作用，违规宣称螺旋藻具有治病功能。据悉，按照生产许可批文划分，螺旋藻产品可分为三类：普通食字号、健字号和药字号。药字号螺旋藻产品是在我国螺旋藻加工业发展早期诞生的，全国只有两个产品获批文，一个在海南，一个在云南。后来，国家有关部门没有再给其他螺旋藻产品发放药品批文。目前，我国药字号螺旋藻产品的产销量都很小。螺旋藻的营养保健功能主要是增强人体免疫力、补充人体营养素，不可以随意宣称其具有治病功能。
二是个别企业恶意贬低同行，宣称健字号螺旋藻产品比普通食字号产品的保健效果更好。江苏省农业科学院的螺旋藻专家告诉记者，这种宣传是错误的。不管是哪种批号的螺旋藻产品，在符合国家标准的情况下，这几种螺旋藻的养殖、加工模式都差不多，其营养保健功能都很接近。保健食品批号是政府有关部门发放的，只要某种螺旋藻产品的质量符合相关标准，按照一定的程序申报，就可以获得保健食品证书。而没有获得保健食品称号的螺旋藻产品，并不能说它们就没有保健功能。
影响螺旋藻产业发展的第二大问题是产品中的铅、镉等重金属超标。而重金属超标，会危害消费者的健康。20多年前，消费者对重金属的危害不甚了解，但随着健康知识的普及，消费者对这一问题越来越重视。螺旋藻产品重金属超标，与养殖环节的污染有关。由于一些地区过度发展工业，而有没有采取很好的环保措施，故导致生态环境恶化。与养殖相关的水、肥料、水泥池、空气、土壤、周边的化工厂等，都有可能带入较多的重金属。由于我国很多螺旋藻养殖场的设施简陋，不能有效控制污染源，也不能对污染物的含量进行有效监测，致使原料鲜藻中富集了较多的重金属。
螺旋藻产业的第三大问题是产品的菌落总数超标。一些螺旋藻企业虽然安装了有关设施、建造了GMP生产车间。但由于运行成本高，不少企业的GMP设施只是个摆设而已，平时不大使用，只是在政府职能部门来厂检查或客户来厂参观时才开启这些设施。由于螺旋藻富含营养物质，且加工环境中的水分含量较高，所以，在加工过程中，很易遭受微生物的污染。如果不采取良好的生产措施，则很难控制微生物的生长繁殖，产品中的微生物含量很容易超标。
对于螺旋藻产业存在的三大问题，必须采取相应的措施加以解决，才能有效促进这一行业健康发展：一要科学规范地宣传，杜绝夸大和虚假宣传。二要加大对养殖环节的投入，采用综合生态措施，从源头消除重金属污染。三要采用先进的杀菌技术和质量管理体系，以控制微生物的数量。江苏大学超高压食品技术研究所所长马永昆教授介绍，采用超高压技术处理螺旋藻原料，可有效杀灭物料中的微生物、提高产品卫生质量，并能较好地保留螺旋藻原有的营养保健成分。
