农产品、食品安全问题关系到人类生命健康和国计民生，建立良好农业规范（GAP）可以在保证农产品产量和质量安全的同时，更好地配置资源，寻求农业生产和环境保护之间平衡，实现农业可持续发展。但在我国目前推行GAP认证，面临着三个方面的难点：
一是组织自身基础条件薄弱。据有关部门统计，我国农产品、食品生产经营者或企业组织中，中、小企业占80％以上，且大多是从传统的作坊式企业发展起来的，规模较小，质量管理薄弱。在实施GAP时，由于受农业生产经营者和农业生产经营者组织的基本生产条件和人、物、财等能力的限制，基础设施和设备相对较差，在信息沟通和专业技术培训等方面产生一定障碍。
二是外部条件困难。首先，是农兽药及工业化进程带来的环境污染，加之我国农产品种植和畜禽养殖规模化程度较低，农民文化程度普遍不高，缺乏基本的食品卫生安全意识，使GAP在推广上存在一定难度。第二，小工厂、小摊点正在成为食品安全隐患的新源头。通过我国质检、农业等部门的不懈努力，我国的大中型食品加工企业（尤其是出口食品企业）和出口农产品、食品种植和养殖基地，已基本走上正规，出口农产品、食品的国际竞争力有目共睹。但是，在我国农产品种植和养殖领域，仍有10％左右的产品是出于非受监管的个体种植和养殖户，这给农产品、食品安全问题埋下了严重的安全隐患。第三，新技术新资源的应用带来新的安全隐患。大量农产品与食品的新资源、农业投入品和食品添加剂的新品种、新型包装材料、新工艺以及现代生物技术、酶制剂等新技术不断出现，加之目前我国与之相应的农产品、食品安全评价体系尚不完善，这也给农产品、食品安全带来一定的安全隐患。第四，农产品、食品安全问题由于贴近人们的生活，其安全事件极易成为人们关注焦点。如果对信息化宣传重视程度不够，非常容易误导消费者，造成重大影响，甚至演变为“农产品、食品安全恐怖”。如今年的“香蕉致癌事件”就给我国南方的部分香蕉产地带来的巨大损失。
三是标准自身复杂难度较大。良好农业规范系列标准从可追溯性、食品安全、动物福利、环境保护，以及员工健康、安全和福利等方面，在控制食品安全危害的同时，兼顾了可持续发展的要求和我国法律法规的要求，并以第三方认证的方式来推广实施。该系列标准陈述了农场良好农业规范的框架，对发展果蔬、畜禽产品的农场良好操作规范提出了控制要求和相应的符合性标准。由于目前我国农业生产经营者和农业生产经营者组织自身存在的许多问题，尤其是面对标准自身较为复杂的难度，导致GAP在我国推广和建立、实施可能存在的一些客观问题。如在肥料使用方面，GAP要求利用适当的作物轮作、施用肥料、牧草管理和其他土地利用方法以及合理的机械、保护性耕作方法，通过利用调整碳氮比的方法，保持或增加土壤有机质等。但生产者在许多实际操作上难以做到减少粪肥与农产品的直接或间接接触等。
由于在食品链的任何环节都可能引入农产品、食品安全危害，且农产品、食品本身和加工过程的复杂性，导致影响农产品、食品安全的因素繁多，因而，只有通过食品链的所有参与者共同努力，并在食品链上建立有效的沟通，才可能充分地预防和控制农产品、食品安全危害，以确保农产品、食品安全质量。
