与普通鸭蛋相比，咸鸭蛋中部分蛋白质被分解为氨基酸，由于盐腌，使蛋内盐分增加，蛋内无机盐也随之略增。生蛋黄中的脂肪由于与蛋白质结合在一起，看不出含有油脂，腌制时间久了，蛋白质会变性，并与脂肪分离，脂肪聚集在一起就成了蛋黄油，蛋黄中带有红黄色卵黄素及胡萝卜素，溶于蛋黄油呈红黄色，增加咸蛋的感官性状，咸鸭蛋出油则是腌好的标志。此外，咸鸭蛋中钙质、铁质等无机盐含量丰富，含钙量、含铁量比鸡蛋、鲜鸭蛋都高，因此是夏日补充钙、铁的好食物。
不过再好的食物也不能无节制地吃，咸蛋用盐量一般在10%左右，吃多了容易得高血压。
挑选咸鸭蛋一个简易鉴别方法是：品质好的腌蛋外壳干净，摇动有微颤感，剥开蛋壳后，咸味适中，油多味佳，用筷子一挑，便有黄油冒出，蛋黄分为一层一层的，近一层颜色就深一层，越往里越红。而较差的蛋外壳灰暗，有白色或黑色斑点，易碰碎，保质期较短。剥开后蛋白软烂、腐腻、咸味大。
