食品安全管理体系认证风险伴随着认证审核活动。作为认证机构和食品安全管理体系审核员，必须清醒地意识到并全面识别这些风险，并结合法规要求，懂得如何在审核过程中合理地加以规避，已成为国内食品安全管理体系认证机构面临的紧迫任务。
宏观层面的风险——外部风险
这类风险来自国际和国家经济运行环境，相关的法律法规要求，政府主管部门监管的力度等。
我国目前正处于经济快速增长时期，产业结构变化大、消费结构加快升级，使得人们对食品安全的问题更加关注。
我国正处于社会主义初级阶段，市场机制和法制尚不健全，部分企业诚信意识缺失，在食品供应链的全过程仍存一些不安全因素，影响食品安全的一些深层次问题仍然存在，食品安全事故和事件时有发生。
近几年来，国内认证市场进入成熟期，认证速度相对放缓，国家认监委、国家合格评定认可委员会、中国认证认可协会和地方质量监督检疫管理部门对认证市场的检查越来越频繁，抽样量在逐年增加，这对认证机构的运作形成了客观约束。要求认证机构应加强内部管理，提高认证能力，培养获证组织的忠诚度，同时控制新项目的认证风险。
作为食品安全管理体系认证机构要意识到这种宏观层面的风险，并积极稳妥地采取措施防范风险。
为此，食品安全管理体系认证机构首先应识别并严格执行相关的法律法规。在具体认证审核过程中还需关注相应的食品安全标准、规范和专项技术要求，以便在认证、审核过程中识别组织是否违法、违规，为认证决定提供可靠的依据。第二，应及时跟踪最新的食品安全信息，建立食品安全认证风险预警机制，在认证、审核过程评估其风险，在审核方案策划、审核组的组成、审核过程控制、认证决定等环节加强风险控制。第三，树立认证机构品牌意识，控制食品安全管理体系认证风险。对于一个负责任的认证机构来说，最大的风险损失应该是认证机构品牌损失（如顾客投诉率居高、业内同行口碑较差、CNAS分级靠后等）。这是一个机构持续稳定发展的核心任务，也是一项长期的任务。
微观层面的风险——内部风险
这类风险主要来自食品安全管理体系认证机构内部管理。
一是认证审核必须保持公正性。这体现在四个层面：首先是自身利益的威胁，此类威胁源于个人或认证机构依其自身利益行事。第二是自我评审的威胁，此类威胁源于个人或机构评审自己所做的工作，如认证机构对由其进行食品安全管理体系咨询的客户实施食品安全管理体系审核属于此类威胁。第三是熟识（或信任）的威胁，此类威胁源于个人或机构对另外一人过于熟悉或信赖，而不去寻找审核证据。第四是胁迫的威胁，此类威胁源于个人或机构察觉受到公然或暗中的强迫，如威胁用他人取而代之或向主管告发。
二是认证人员的能力、稳定性、责任心。审核人员的专业能力、经验、人生观、价值观等，直接影响一个人看待、判断和处理问题的方法和水平等。在食品安全管理体系认证中，有很多定性的要求，如微生物、致病菌的限量等，需要审核员把握判定的尺度，很大程度取决于其认识和判断力。
三是认证机构内部具体运作流程管理和审核组的有效控制。从合同评审、审核方案策划和实施、审核的策划和实施到不符合项的关闭、认证审定、发证、证后监督、再认证都要进行控制。对这类风险，认证机构应结合认可机构的要求，修改食品安全管理体系认证机构管理文件，进行流程优化，加大培训力度，在机构内部形成一致性的观点，尽量减少认证风险。
在实践过程中，食品安全管理体系认证机构应当关注《不予受理认证机构认可申请和暂停、撤消认证机构认可资格有关规定的说明》和《认证机构认可风险分级管理方案》。认证机构和审核组成员必须履行起自身的风险控制责任，严格控制认证审核风险。
