9月12日，甘肃省质量技术监督局召开新闻发布会宣布，从目前抽检情况看，三鹿奶粉的钾、钙磷比、脂肪等指标不符合国家标准规定，而且受到三聚氰胺污染的可能性较大。
甘肃省质监局首先对有些媒体上流传的“三鹿集团委托甘肃省质量技术监督局对三鹿奶粉的蛋白质含量等多项指标进行逐一检验，结果显示各项指标符合国家的质量标准，因此三鹿奶粉质量是合格的”说法进行了澄清———该局技术机构至今未曾接受过三鹿集团的委托检验。正在检验中的样品，是该局在调查过程中从流通领域抽取的。
据悉，“婴儿肾结石”事件发生之后，甘肃省委、省政府高度重视，甘肃省委常委、副省长冯健身于9月10日即作出批示：“请医院组织力量全力做好救治，请质监局调查并将结果报告。”
9月9日，甘肃省质监局获知此事后，当即展开调查：
一是走访了中国人民解放军第一医院副院长李晓云、泌尿科主任张伟、护士长阎红英，以及部分患儿家长。据调查，解放军第一医院泌尿科，自6月28日以来，先后接收了来自甘肃岷县、永靖县、永登县、秦安县、古浪县和宁夏回族自治区中卫县等地的14名不满周岁的婴儿，最小的5个月27天，最大的11个月。均患有“双肾多发性结石”和“输尿管结石”病症。这14名婴儿的相同点是都来自农村，不满周岁；都食用石家庄三鹿集团股份有限公司生产的400克袋装婴幼儿配方奶粉。据解放军第一医院泌尿科主任张伟介绍，肾结石的发病率很少见于婴儿，在短时间内有如此多婴儿患病，实属罕见。这些患儿均无家族病史，也可排除水源污染的可能。但都食用三鹿奶粉，可能与此有关。
二是由该局副局长王忠习率有关人员前往省卫生厅了解情况并交换意见。据了解，甘肃省卫生厅已安排全省市级以上医院对该病例进行流行病学调查。目前全省共报告病例59人，死亡1人。分布于10个市（州）的24个县（区），以农村患儿为多；同日，按照省质监局的部署，发现患病婴儿的定西市等地的检查工作取得进展。定西市质监局找到石家庄三鹿集团股份有限公司在定西的总经销商张丽霞。据了解，该经销商分别于2008年6月10日和2008年7月10日，两次从石家庄三鹿乳业股份有限公司购进该品牌奶粉420箱（每箱12袋），全部批发给了有关经销网点。据张丽霞反映，石家庄三鹿乳业股份有限公司从2008年8月25日开始对该种奶粉进行召回，现已召回80箱。质监部门在定西市的岷县、漳县等6个县，共检查了256家商铺，查获947袋三鹿奶粉。
三是立即对石家庄三鹿乳业股份有限公司兰州总经销商———兰州兴升源商贸有限责任公司进行了调查，检查并登记了2008年以来的销售台账。
初步调查之后，甘肃省质监局迅速组织抽样检验。现已从住院患者处、定西市安定区、岷县、漳县和兰州市永登县紧急抽取样品8个，由甘肃省产品质量监督检验中心进行检验。为了保证检验的准确性，同时将4个样品送国家食品质检中心进行检验。从目前抽检的情况看，已发现该产品的钾、钙磷比、脂肪等指标不符合国家标准规定，而且受到三聚氰胺污染的可能性较大。
9月11日，甘肃省质监局以明传电报方式，向全省质监系统发出了《关于开展奶粉专项检查的紧急通知》，一是要求各级质监部门对省内所有奶粉生产企业进行全面检查，重点检查企业的生产原料是否含有三聚氰胺，检查企业的生产工艺、加工过程，对原料奶和成品进行抽样检验。一经发现含有三聚氰胺等质量安全问题，立即责令企业停止生产、停止销售、封存成品。同时，对流通领域经销的石家庄三鹿集团股份有限公司生产的三鹿牌慧幼系列婴幼儿配方奶粉进行检查，凡发现经销该产品的，立即责令停止销售，就地封存。二是加快检测工作进程。要按照国家质检总局食品司下发的《奶粉及婴幼儿配方乳粉专项抽查方案》，突出重点，抓紧检验，尽快向社会公布检测结果。三是研究成立食品召回专家委员会，建立相应的信息系统，为食品安全危害调查和食品安全危害评估提供技术支持。
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