与8月相比，报告事件数下降5.4%，病例数上升169.1%，死亡数下降73.8%。与去年同期相比，报告事件数上升32.0%，病例数上升30.9%，死亡数下降22.1%。9月报告的各级别事件中，仍以一般突发公共卫生事件为主，占事件总数的88.2%。突发公共卫生事件数、病例数较去年同期有所上升。造成上升的主要原因为食物中毒类和传染病类一般事件的增加。所报各类突发公共卫生事件中，以传染病及食物中毒事件为主。其中传染病事件数占59%，病例数占61%，死亡数占54%；食物中毒事件数占31%，病例数占26%，死亡数占34%。
传染病事件中以乙脑、菌痢、流腮和其他感染性腹泻暴发为主，占传染病事件数的56%，占传染病事件报告病例数的69%，其中乙脑死亡数占传染病事件报告死亡数的79%。食物中毒事件发生场所主要为学校和家庭，分别约占45%和16%。中毒因素主要为变形杆菌及其他微生物所引起的食物污染，约占45%。
