我国中西部地区由于地理位置等原因，相对东南沿海来说劳动力价格较低，且中西部地方政府在招商引资的用地、税收等方面采取了一系列优惠措施，近年来福建、江苏的很多企业纷纷来此投资建厂，出口食品企业发展迅速。
在出口食品行业发展迅速的背景下，卫生注册工作与地方政府经济发展之间碰撞出了一些问题，主要有以下几点：
一是部分企业缺少卫生注册意识，待建厂完成准备出口的时候才知道需要进行卫生注册，有的工厂建在不利于食品生产的地区或者厂房设计不合理等等。
二是有的地方政府仅关心经济数字的增长。不符合卫生要求的企业情况很复杂，有的原料管理存在缺陷，原料生产缺少有效的组织和管理，依靠农民一家一户的种植或者养殖，导致整个行业存在风险；有的企业周边有污染源而选址时候未经审核，相关部门对环境治理也未采取措施；有的行业遭遇国外技术性贸易措施，或者出口敏感国家的产品目前国内达不到进口国的检测要求，暂时不宜注册等等。上述多种情况均有可能影响企业注册，也影响地方经济发展目标的达成。
三是目前中西部地区卫生注册评审员数量有限、卫生注册力量相对薄弱，对企业的日常监管、指导不够，导致地方政府简单地将卫生注册工作理解为“一注了之”，忽略了卫生注册工作在帮助企业持续符合卫生注册要求、提高质量管理水平方面更多的作用。
四是部分卫生注册管理人员自身理解不到位。他们认为增加注册企业数量，扩大出口量就是服务地方经济，在卫生注册评审过程中有的没有严格地按照卫生注册规范做出评定，对于一些不符合卫生注册要求的食品企业，在多方面压力下也勉强同意注册，而寄希望于企业“边生产、边出口、边改进”，导致卫生注册工作的权威性和公正性受到挑战，地方政府对卫生注册工作的误解进一步加深。
