我国在2006年发布GB/T22000-2006《食品安全管理体系－食品链中各类组织的要求》，等同采用国际标准ISO22000-2005，该标准不仅包含了HACCP体系建立的全部内容，而且扩展到对整个食品链建立食品安全管理体系的要求。在实施该标准过程中，有一些问题需引起注意。
食品安全管理体系现状
生产领域食品安全管理体系现状。食品安全管理体系建设在我国是以企业推动为主体的，大中型企业由于在资金、技术方面的优势，基础设施较好、人员素质较高，在推行食品安全管理体系方面存在较大的优势。而一些小型企业，由于缺少这些优势，实施认证的积极性较低。同时，由于消费者对HACCP认证的认同度不高，造成生产企业不愿意投入资金进行HACCP认证，对广告宣传等市场推广力度不足。
流通领域食品安全管理体系现状。流通领域实施食品安全管理体系认证的单位还不多，现在流通领域对于食品安全还是只能做到满足监管部门的要求，有些法规尚不能完全得到实施，如《超市食品安全操作规范》。许多超市在散装食品方面的防范设施依然处于形同虚设状态，各方卫生意识仍比较淡薄。
存在的问题
关键控制点的识别。从HACCP到ISO22000，关键控制点的识别与监控都是体系管理中最重要的部分。不同产品、不同工艺的产品CCP不同，CCP的建立要认真分析产品的工艺特点，针对每种产品绘出工艺流程图，分析各个工艺可能产生的食品安全危害。现在国内比较常用的方法是对比组织的工艺流程与成熟公司的工艺流程，造成关键控制点雷同，控制措施、纠偏相同。
前提方案及操作性前提方案。影响前提方案最重要的因素是食品加工企业建筑物的布局，车间内设备设施布局与设备的合理性，人员的食品安全意识等方面。企业的建筑物布局决定了整个食品生产企业内物料的流向，这需要在食品厂建设之初就考虑，这些是要在企业设计策划的时候决定的。前提方案中硬件设施的合理性高可以减少以后人员管理以及设备改造方面的投入。
市场准入与食品安全理解上的一些偏差。现行的食品安全市场准入与ISO22000食品安全管理体系的关注点是不同的，食品安全市场准入关注的是食品生产的基础要求，在其审核细则中已经明确将生产过程中的关键步骤作为关键过程加以控制，如市场准入中明确将速冻食品的速冻工序作为关键过程进行控制。而食品安全管理体系只是规定了关键控制点制定的准则，生产企业应依据产品的工艺过程制定关键控制点，以控制食品中的危害。由于某些人员理解的片面性，将市场准入的关键过程理解为食品安全管理体系的关键控制点，有不妥当之处。
政府在食品安全管理体系认证方面的宣传。食品安全管理体系是企业为向消费者表明自己在食品安全控制方面优于其他企业而进行的认证行为。但是国家相关部门对于食品安全管理体系的宣传不足，这不仅打击了消费者在食品安全方面的信心，造成许多人谈食品安全色变的地步，同时知名品牌也受到冲击。
措施与建议
充分利用资源，加强前期策划。在食品安全管理体系的建设当中，前期的策划过程非常关键。在目前的情况下，前期的策划过是能否完全控制食品安全危害的最重要的环节。生产企业应建立产品的工艺流程图，并将可以确定的工艺参数确定下来，分析工艺过程中存在的物理、化学、生物的食品安全危害，确定关键控制点。参照相应的国家标准、研究结果、分析结果、经验数据等制定关键限值、操作限值，并确定监控人员、频率，纠偏行动等内容，由于不同的人员有不同的看法，HACCP计划的形成要参照不同人员的观点。
协调政府监管和体系认证。食品行业的政府监管主要是食品安全市场准入，认证却很多，如有机食品认证、食品安全管理体系认证、质量管理体系认证等。QS标志是政府监管食品安全的基础，认证是高于基础要求的。为示区分，市场准入不要借用食品安全的相关术语，尤其是关键控制点，关键控制点和市场准入的关键过程有本质的区别，其分析过程存在很大的区别，借用相关术语会对消费者造成错误认知，不利于推广食品安全体系认证。
