人对不熟悉的事物往往会表现出本能的恐惧，就好像寓言“黔之驴”中第一次看到驴子的老虎，而这种恐惧往往是没有事实根据的。在转基因的反对者中，许多人犯了寓言中老虎的错误——因为不了解而高估风险。
对虫子有害的水稻人能吃吗？
Bt转基因水稻的优点是植入的外来基因能制造Bt毒蛋白，抵御害虫对水稻的侵袭。但部分批评人士说，“虫子不要吃的东西人更不要吃”。这个说法很煽情，但不正确。
人们一直狼吞虎咽着许多昆虫不吃的食物。昆虫和人的生理构造有本质区别，能杀死昆虫的食物，许多不危害人，甚至有益健康。知名科普作家方舟子在接受新华社记者电话采访时说，自然界中，蔬菜和水果经常产生天然杀虫剂或驱虫剂，虫子是不吃的，比如西红柿、柑橘、葱、蒜、辣椒、胡椒等。有时这些天然杀虫剂和驱虫剂甚至对人体有益，例如柑橘含有类柠檬酸，是一种天然的驱虫剂，也具有抗癌作用。
作为一种天然杀虫剂，Bt毒蛋白的安全性久经考验。Bt毒蛋白由苏云金杆菌(拉丁学名Bacillus thuringiensis，因此简称Bt)制造。早在1938年，法国就开始使用Bt毒蛋白作为农田杀虫剂。1958年，美国步法国后尘开始使用Bt毒蛋白。由于这种农药对人体没有毒副作用，对环境没有污染，因此时下大行其道的有机食品广泛使用Bt毒蛋白作为杀虫剂。世界卫生组织在《关于转基因食品的20个问题》的文件中谨慎但肯定地说：“目前在国际市场上可获得的转基因食品已通过风险评估并且可能不会对人类健康产生危险。”
转基因违反自然规律？
有人怀疑转基因违反自然规律，因为通过转基因技术，水稻等目标生物会被植入自然条件下绝对不可能拥有的基因。
有这种疑问的人忽视了一点，科学已经、正在并且将要帮助人们实现自然条件下无法实现的奇迹。作为转基因育种技术来说，它并不比现有的育种技术更加“违反自然规律”。以被广泛接受的“诱变育种”为例，这种技术通过紫外线照射或者化学药剂涂抹等方法，诱使农作物种子发生基因突变。突变后的植物种子可能拥有从未有过的基因片断。如果这些突变符合要求，经过一段时间的试种，这类种子就会进入商业生产领域。
“诱变育种”中的基因变化是不可预测的，带有很大的偶然性。而转基因技术是把特定的基因片断嵌入植物的基因组，所产生后果的可预测性和可控性都大为提高。从这个意义上来说，转基因育种比“诱变育种”更为安全。
转基因种子能把独特优势保持多久？
的确，Bt转基因水稻不可能永远阻止害虫的侵害，但这并不影响推广转基因水稻。农作物和害虫是一对矛盾，农作物的抗虫害能力愈强，一段时间后，害虫抵抗特定杀虫剂的能力也就会提高，正所谓道高一尺，魔高一丈。解决这一问题的办法是依赖科学的不断进步。在所谓“超级害虫”出现前，就有计划地研发出新的控制害虫新办法。与此类似，抗生素与病毒的斗争也是沿着这个循环上升的轨道前进的，结果是人类的健康水平和生活质量不断提高。
另外，有许多办法推迟“超级害虫”出现的时间。比如害虫“避难所”。美国在大规模种植转基因农作物的同时，在农田中有意加入小片农田种植非转基因农作物。这一小片”避难所“可以为害虫提供有限的食物。这个设计的目的是压低害虫发生基因突变并把突变基因传给后代的可能性，最终推迟“超级害虫”出现的时间。
许多国家为什么至今反对转基因农作物？
为什么许多国家，特别是部分欧洲国家至今反对转基因农作物？
除了政治、文化、经济等原因外，欧洲部分国家对引进转基因农作物犹豫不决的重要原因是这些国家的粮食自给有余，不急于通过转基因技术提高粮食产量。即使如此，欧洲国家的转基因农作物的种植面积也在上升。根据欧盟支持的“转基因生物指南针”网站公布的数据，包括西班牙、法国、捷克、葡萄牙、德国、斯洛伐克、罗马尼亚和波兰在内的欧洲八国转基因农作物种植面积从2005年的5.5万公顷上升到2008年的10.8万公顷。从世界范围来看，转基因农作物受欢迎程度更高。同样根据“转基因生物指南针”的数据，2008年，全球转基因农作物种植面积达到1.25亿公顷，比2007年上升9.4%。在美国、阿根廷和印度等农业大国，转基因农作物种植面积在2008年都有所上升，其中美国增加480万公顷，阿根廷增加190万公顷，印度增加140万公顷。目前，转基因大豆已经占全球大豆种植总面积的72%，转基因棉花占全球棉花种植总面积的47%。
诚然，相比一些传统的科学学科，包括转基因在内的生物科学还是一门快速发展的新兴学科，尚有大片未知的处女地，但这不能成为人们犹豫不前的理由。
“如果现在停止前进，中国将失去争夺转基因技术领先者的机会，”方舟子说。
