国内油菜行业专家、武汉工业学院刘大川教授表示，当前我国油菜籽加工业仍然面临着以下几方面的严峻挑战：
第一，产能扩大与原料供需不足的矛盾显现。
根据国家粮食局等部门发布的2010年油菜籽补贴收购企业名单计算，参与2010年油菜籽补贴收购加工的产能约为5.764万吨/日。若按年加工200天计算，参与补贴收购加工的企业年加工量就可达1150万吨。但由于原料供应不足，实际上仅能加工100天左右。据统计，截至2010年底，我国油菜籽加工产能已达3600万吨，而根据国家相关部门数据，近年来我国油菜籽年产量目前只能保持在1300万吨左右。
第二，原料价格逐步提高，将增加菜籽加工成本。
根据相关调研测算，在不考虑地租的情况下，目前油菜籽的种植成本约533元/亩。若按300斤/亩单产、300元/亩地租进行计算，在不考虑收益的情况下，油菜籽成本至2.8元/斤。如果不考虑地租（种自己家里地），仅考虑150元/亩收益的情况下，油菜籽成本也在2.3元/斤。
第三，油菜籽产品进口份额增加。
2010年菜籽进口较2009年下滑过半，但菜粕和菜籽油的进口却大幅增加。根据海关数据，2009年国内进口油菜籽328.4万吨，而2010年进口160万吨；2009年进口菜籽油46.76万吨，而2010年进口菜籽油96.3万吨；2010年进口菜粕121.78万吨（低芥酸菜粕92.22万吨，其他菜粕29.56万吨）。
第四，尚未形成完整的产业链。
油菜籽加工企业与原料基地、产品加工、后续应用加工相互之间尚未能很好结合，尚未能形成一条完整的产业链，致使有些加工企业因原料缺乏而开工不足，有的产品生产出来因后续应用加工没发展起来而滞销。
第五，自主创新能力较弱。
油菜籽加工技术总体水平有了较大的提高，但仍属粗加工技术范畴，深加工水平还较落后。尤其是对油菜籽资源的综合利用开发不够，油菜籽加工企业多半只有菜籽油和菜籽粕两个产品。
第六，风险规避工具尚不完善。
作为代加工企业，菜籽油虽然交给了国家，但是菜粕却面临着无法逃避的价格下跌风险。因此，油厂生存压力在逐渐增大，参与期货市场进行套期保值、期现结合经营是油厂必须要掌握的经营模式。同时也建议推出油菜籽和菜粕等新的期货品种，以完善菜籽加工种植业的避险工具系列。
