一是容易留下病菌黄瓜植株中不少患有根部病害，若根系拔除不彻底，病原菌会继续滞留在土壤中，为害下茬蔬菜。因此，黄瓜拔园时一定要将根系全部拔出来，若土壤较干，可在拔园前轻浇一水，将土壤湿润。必要时可采取挖除，以免须根断留在土壤中。另外，在拔园前最好有病株的地方做好标记，拔园后将病穴用生石灰或药液重点处理一下，以彻底消灭病菌。
二是容易将根系上的根结线虫留在土壤中有根结线虫的棚室，大量的根结线虫会附带在黄瓜根系上，若拔根不彻底，会继续留在土壤中，为害下茬蔬菜。因为，黄瓜拔园时正是消灭根结线虫的大好时机，可利用此机会将附在根系上的根结线虫彻底带出来。为此，黄瓜拔园时除根一定要干净彻底。
不少菜农在黄瓜拔园时有些“偷工减料”，不是将根部一起拔出来，而是从黄瓜的根基部割断。有些菜农虽然也将根系拔出来了，但由于拔园时棚地较干，只将主根拔出来了，大部分的须根则断留在土壤中。黄瓜拔园时一定要带出根，若除根不彻底，很容易留下祸根，为以后病害的传播埋下隐患。除根不净弊端有二：
