西瓜蔓枯病属真菌性病害，病菌以分生孢子器和子囊座在土壤中的病残体或棚室染病植株上越冬。在寄主作物移栽后，放出孢子经风或农事操作传播，通过植株伤口、裂缝和气孔侵入。种子表面也可带菌，引起幼苗发病。病菌适应性强，对温度要求不严格，5～35℃条件下均可侵染，20～30℃为发育适宜温度，在55℃条件下10分钟后即死亡；发育适宜空气相对湿度为85%。高温高湿有利于病害发生与流行。施肥不足、植株生长衰弱、通风透光不良易发病。
农业防治 （1）轮作。与粮食作物轮作5～8年，水旱轮作更佳。（2）清洁田园。收获后及时清除瓜蔓，连同周围落叶集中烧毁或深埋，以减少菌源。（3）选用抗耐病品种。（4）配方施肥。施足有机肥，增施磷钾肥，不偏施氮肥，使植株生长健壮，提高抗病能力。（5）营养筒基质定植法。尽量采用无底的营养筒育苗，定植时不去筒，定植深度为半个营养筒，能有效缓解茎基部发病。（6）合理灌溉做畦。做高畦，采用膜下软管滴灌技术，以提高冬春地温，减轻病害发生。
化学防治 （1）种子处理。播前用70%代森锰锌可湿性粉剂700倍液或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1～2小时，可以有效控制幼苗发病。（2）喷施药剂。发病初期可用25%咪鲜胺乳油1500倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂3000倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液喷雾，每隔7天一次，连续防治2～3次。发病较重的田块，可交替用95% 霉灵可湿性粉剂3000倍液，或64% 霜·锰锌可湿性粉剂500倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液喷雾，每隔5～7天一次，连续防治3～4次。为避免影响授粉，西瓜开花后宜在下午4时以后施药。（3）药剂涂茎。对发病较重的植株，先刮去腐烂组织，然后用10%苯醚甲环唑水分散粒剂300倍液或25%咪鲜胺乳油150倍液涂抹病部。
