一、危害性
小麦腥黑穗病是毁灭性的检疫对象，一般发病田块小麦可减产10－20％，严重的减产50％以上，甚至绝收。小麦发病后不仅造成减产或绝收，而且病粒内含有带腥臭味的有毒物质三甲胺，严重降低麦粒及面粉的品质而不堪食用，人畜食后还会引起中毒。
二、侵染循环
麦收后病菌附着在种子外表或混入粪肥、土壤中越夏。秋季小麦播种后发芽时，病菌侵入幼苗，第二年春季再向上侵入幼穗，破坏小麦穗部的正常生长，抽穗后形成病原菌的厚垣孢子呈黑粉状。小麦收获脱粒时，病粒破裂，黑粉状的病菌分散粘附在种子外表或混入粪肥土壤越夏，越夏后秋季侵入小麦幼苗。
三、防治方法
（一）整地麦播期防治
1、使用无病腐熟净肥：带菌粪肥是土传病害一种很重要的传播渠道，提倡堆沤农家肥时不用病残体原料，施用无病腐熟净肥，以切断粪肥传染源。
2、合理轮作倒茬：小麦腥黑穗病发生区应实行与油菜、马铃薯、红薯、棉花、花生、烟草、蔬菜等作物5－7年的轮作，才能收到较好的防效。
3、严禁病区自行留种、串换麦种：种子夹带病麦粒、病残体是远距离传播和当地蔓延的主要途径，因此，应禁止从病区引种；严禁病区的小麦做种子用，杜绝自行留种串换麦种。
4、选用抗病品种：应因地制宜，选用抗耐病品种，利用品种间的抗病性差异选择丰产性能好、适应性广、早熟、发病较轻或产量损失较小的品种。在病区应使用正规渠道供销的无病良种，有条件的乡村组应大力推行统一供种、统一拌种。
5、杀菌剂拌种：药剂拌种是预防和控制小麦腥黑穗病蔓延的一种简便、经济、有效、省工、省时的好方法，防治效果十分明显。可用3％敌萎丹悬浮种衣剂20毫升，加水150毫升充分混匀后，倒入要处理的10公斤种子上，种子最好盛在塑料袋或桶中，快速搅拌或摇晃，直至药液均匀分布于每粒种子上。敌萎丹悬浮种衣剂，由先进的成膜剂加工而成，成膜固化快，拌种后无需晾晒即可播种。
6、土壤药剂处理：土壤药剂处理也是一种防治小麦腥黑穗病等土传种传病害的好方法，对重病田效果更为明显。重病田应采取药剂拌种加土壤处理双管齐下的办法。每亩可选用50％多菌灵可湿性粉剂2－3公斤或70％甲基托布津可湿性粉剂1－1.5公斤兑细干土45－50公斤，搅拌均匀后制成毒土，在犁地后均匀撒在地面，再耙地，进行土壤消毒处理，然后播种。
（二）收割前后防治
1、零星病区拔除病株：5月的中旬和下旬，小麦腥黑穗病发生症状十分明显。发现零星发生田块，可拔除病株，加以集中烧毁。
2、轻发病田多管齐下：小麦腥黑穗病轻发田，要剪除病穗烧毁，并单收单打，烧毁病麦秸、病麦糠等一切病残体。
3、重发田块全田烧毁：对重发田块应收割堆放集中烧毁，采取全田彻底销毁的严厉措施。
