罗汉果主要病虫害有根结线虫病、病毒病、炭疽病、芽枯病、黄守瓜、红蜘蛛、果实蝇、蝽蟓、白蚁等。
1、根结线虫病：是由根结线虫引起的根和块茎病害，因受害根增生形成根结而得名，群众也叫它“起泡”。这是我县罗汉果生产中最主要的病害。
⑴ 轮作。
⑵ 选用无病苗，组培苗。
⑶ 化学防治：本病应以防为主，种植时在种植坑内撒施福气多等农药可减轻根结线虫病。其中，以福气多效果最好，该药具有内吸传导和触杀双重功效，杀线虫效果稳定药效持久（达4～5个月），每株施药3～5克。
⑷ 晒薯。在罗汉果的生长季节每年晒薯2～3次，方法是：将种薯周围泥土扒开1/2，让阳光暴晒种薯，以杀死附在种薯表面的虫卵，增强抗病能力，或挖开种薯周围表土，让种薯和部分根系脱离土壤，减少根结线虫危害。
2、病毒病：病原主要是西瓜花叶病毒-2。受害植株的叶片褪绿斑驳、畸形、吃不开泡班、缺刻等；叶肉肥厚粗硬，多发短枝而成束状，叶片逐渐黄化。受害植株挂果明显减少，甚至停止生长。
⑴ 采用经过脱毒的种苗、组培苗。
⑵ 加强肥水管理，提高植株抗病能力。
⑶ 定期用蚜虱灵、昆虫啉等杀虫剂喷杀传毒蚜虫；隔离种植、防止交叉传染。
⑷ 药剂防治：可选抗毒剂一号，83增抗剂，毒老大，毒消，克毒纳斯，抗毒丰等，加叶常青、绿亨必多收等，隔5～7天喷一次。
3、炭疽病：为害叶片、藤蔓和果实产生枯斑，严重时可导致幼苗和枝蔓枯死，采收时，若湿度过大，果实来不及烘烤，会引起烂果。湿度大，病害容易发生。
⑴ 加强肥水管理，增施磷钾肥，增强植株抗病能力。
⑵ 药刘防治：发病初期，根据天气情况，定期喷施绿亨2号、甲基托布津、大生等，间隔期7～10天。
4、芽枯病：被害植株嫩叶黄化，顶芽褐变枯死。据广西农科院植保所黄思良博士初步研究认为，该病与土壤酸化和土壤缺硼有关。
防治方法：施用硼肥、喷施萎枯溃克有一定的疗效。
5、黄守瓜：黄守瓜是罗汉果苗期危害比较严重的一种害虫，有时可把叶子吃光。可用敌百虫、高效氯氰菊脂、增效氰戊等。
6、红蜘蛛：可用力劈螨、白螨虫忌、绿亨阿维、控螨压虱、久仰等交替使用。
7、果实蝇：危害果实造成烂果、落果。可用阿唑、好帮手等。
8、蝽蟓：可危害嫩芽、果实等。可用增效氰戊或高效氯氰菊脂加昆虫啉或蚜虱灵防治，效果较好。
9、白蚁：：用灭白蚁灵液灌根，或撒施于白蚁进出的地方。
10、其它地下害虫可用歼土虫、大地震、地星等措施。
