棉籽饼因含有游离棉酚，易引起畜禽中毒，必须经过去毒处理后方可饲用。
常用去毒方法：一、取草木灰9-12公斤或生石灰0.5-1公斤加入100公斤清水中搅拌均匀，沉淀后取上清液浸泡棉籽饼，饼液比例为1∶2,浸泡24小时后再用清水淘洗3-4遍。二、在100公斤土榨棉籽饼中加硫酸亚铁1.2-1.5公斤，若用机榨棉籽饼，只需加硫酸亚铁0.3-0.4公斤，再以适量清水浸泡24小时，冲洗后即可饲用。三、用15%的纯碱溶液24公斤，喷洒在100公斤棉籽饼上，充分拌匀，然后用塑料薄膜密封闷5小时，然后蒸50分钟，晾干。也可用1%的氢氧化钠溶液浸泡3-4小时，然后后沥去溶液，用清水冲洗干净，晾干。四、在100℃-110℃的高温下蒸30分钟。
