辣椒的贮藏温度，多数认为7～9℃适宜，低于6℃果实色泽变暗，并增加腐烂。
1．沟贮法 在窖内挖100厘米深、100厘米宽、东西长的沟(和窖身长平行)。沟内铺砂，将辣椒散放沟内，40～60厘米厚，或连筐下沟。西安、太原等地是露地挖沟，沟宽100厘米左右，沟深100～150厘米之间，视各地气温不同而异，长不限。
采收后也可不经预贮直接入沟，散堆或装筐。如果散堆，在沟底铺上10厘米左右砂子或高粱秆，上面铺放30～50厘米厚的辣椒，辣椒上面撒一层湿砂。如装筐，筐内需放有湿蒲包等物，生筐装20～30千克辣椒即可，盖上筐盖或覆一层湿蒲包。
贮藏前期注意防热，每隔10～15天检查倒动一次，筐装的可随时拿出来通风。并防止雨水浇淋。后期注意防寒，视气温变化及时覆盖，从寒露能贮至新年或春节。损耗在10％～30％。
2．窖贮
(1)筐贮 将挑选后的辣椒置于筐中，筐内有的地区垫纸，有的衬上消过毒的湿蒲包或垫上一层麦秸。装好后加以覆盖，将筐码成垛(北京、西安等地)。
(2)架贮 在窖内作成1.5～2米高、宽1米的架，分上、中、下三层，下层离地面约20厘米左右，将辣椒平铺在架上2～3层(西安等地)。
(3)散堆贮藏 先在窖内地上铺一层厚约10厘米左右的稻草或麦秸，上面放上辣椒约30厘米厚，堆一长条。然后视窖温情况覆盖稻草、秸、蒲包等。
(4)窖内管理 注意通风和窖内温湿度的控制，开始 7～10天检查一次，发现红果、烂果及时处理，后期可半个月检查一次，如覆盖的蒲包或草帘太干时及时更换或洒水。可贮至春节。
