要贮藏冬瓜，栽培时首先要考虑选用耐贮运、肉厚、肉质致密、种子囊腔小的品种，相比较而言，青皮冬瓜要比粉皮冬瓜耐贮运。冬瓜选择瓜形整齐、九成熟、无病虫害、个体大、瓜毛稀疏、皮色黑或墨绿的瓜果进行贮藏。剪摘前应停止灌水，控水1-2周后，选择晴天早上气温较低时进行采摘。为防止瓜体损伤而造成腐烂，采摘时宜用剪刀在距离蒂柄3厘米处剪下。采收后装卸和运输过程中要轻拿轻放，切勿碰坏与摔伤，尤其要禁止滚动、抛掷，以防内瓤受震动损伤而导致腐烂。凡遭霜打、晒伤或有烂疤、虫疤的瓜皆不宜用来贮藏。
冬瓜的贮藏方法比较简便，可以在室内地面堆藏和室外大棚堆藏，也可在库内架贮，窖洞内窖藏，甚至还可以挂藏。
堆藏：在地面上先铺一层细沙或麦秆、稻草，然后在上面堆瓜果，一般采用“品”字形堆放或2-3层平铺堆放；也可使瓜柄朝上，一个挨一个地摆放一层。但不论采用哪种摆放形式，都要适当地留出走道，以便检查。装筐堆藏，筐不得装得太满，离筐口应留一个瓜的空隙，以利通风和避免挤压，瓜筐堆放可采用骑马式，以3-4个筐高为宜。
贮藏前期，外界气温较高，要在晚上打开窗口通风换气，白天关闭遮阴，避免日光直接照射。室内空气要新鲜干燥，并保持凉爽。外界气温较低时，特别是到了严寒冬季，要关闭门窗，注意防寒。温度应保持在0℃以上。适宜温度为10℃左右，相对湿度70%-75%，贮藏期限可达2-3个月。
架式贮藏：把冬瓜摆放在库房的贮架上，下面铺上一层草包，上面摆放冬瓜，摆放的方法是瓜蒂朝下，瓜脐向上。此种摆法散热好，检查方便。
简易加工
1、冬瓜干。选用肉质肥厚的冬瓜，剥皮去瓤后切成1厘米厚的片，置于阳光下晾晒8-10小时。移入室内或凉棚下，自然回软8-12小时。待瓜干柔软后，一束一束捆扎好，每束2.5-5公斤。为防止霉烂须再复晒3-4小时，中间翻晒1-2次，即成冬瓜干。
2、腌冬瓜。用老熟的冬瓜刮去外皮，掏尽瓜瓤，切成4瓣入缸。每100公斤冬瓜下盐25公斤，放一层冬瓜撒一层盐，每天倒缸一次。倒缸时要扬汤散热，使盐粒溶化。腌制20天即为成品，可封缸贮存。成品色白不烂。
3、甜酱冬瓜
将脆冬瓜切成长3厘米、宽1.3厘米的冬瓜块。先酱渍，将脆冬瓜块入缸渗出水后即将水倒出，约倒3次，然后装入布袋内控水5-6小时，将水控净入缸卤酱。每100公斤脆冬瓜块用次酱75公斤，卤酱3-4天，每天翻扒3-4次。卤酱后捞出，入另缸，再换成甜面酱酱制，每1000公斤卤酱的冬瓜块用甜面酱75公斤，每天打扒4次。出缸即为甜酱冬瓜成品。
