沼气肥含有较全面的养分和丰富的有机质，除可用作农田肥料、培植蘑菇外，还可用作养鱼饲料。
一、沼气肥养鱼效应
1、提高鲜鱼的产量：鱼池使用沼肥后，改善了鱼池的营养条件，促进了浮游生物的繁殖和生长。因此，提高了鲜鱼产量。据南京市水产研究所用鲜猪粪与沼肥作淡水鱼类饵料进行对比试验，结果后者比前者多产鲜鱼19-38%。
2、改善鲜鱼的品质：施用沼肥的鱼池，水中溶解氧增加10-15%，改善了鱼池的生态环境。因此，不但使各类鱼体的蛋白质含量明显增加，而且对影响蛋白质质量的氨基酸组成也有明显的改善，并使农药残留量明显下降。所以，营养价值高，食用更加安全可靠。
3、减少鱼病的发生：沼肥经腐熟和发酵，消除了其中的虫卵和病菌。因此，减少了鱼病的发生，烂鳃、赤皮、肠炎、白嘴等鱼类常见病和多发病得到了有效控制。
二、沼气肥养鱼的方法
从鱼种养到成鱼的过程，称为成鱼养殖。利用池塘养鱼，以0.27-0.67公顷的水面面积，水深以2-3米的池塘为宜，最浅不少于1.5米。池塘必须不漏，能保水，塘底要平，能排能灌，旱涝保收。池塘南面不宜栽高大树木，以免遮蔽阳光，影响浮游生物繁殖。
1、养殖种类：宜放养滤食性鱼类，以鲢鱼、鳙鱼、白鲫为主，适当搭配罗非鱼（即非洲鲫鱼）、鲤鱼、鲫鱼等杂食性鱼类，少量放养草鱼，对鱼种规格要求不严。但为了达到生长快，产量高，缩短养鱼周期的目的，鱼种规格还是越大越好。一般要求当年养到商品规格的，放养鱼种体长应在14厘米以上。
2、放养密度：合理密养是提高成鱼产量的重要措施，其要求是：充分发挥池塘的生产能力；提高单位面积产量；放养大规格鱼种。使之充分达到养殖密度合理、提高产量、增加商品率的目的。在同样的成本投入条件下，获得更大的经济效益。具体方法为，放养密度应根据水源、排灌条件、池塘深浅、鱼种大小、养殖周期等确定，同时应根据历年养殖情况进行调整。如果第1年每亩放养600尾，鱼的个体、肥满度好，第2年可增加到700尾，反之应减少到500尾。
3、放养鱼种的时间：放养鱼种的时间，一般在春季或秋季。春放一般在3月中旬至4月底，最迟应在5月上旬结束。有越冬条件的池塘，以秋放为好，一般在8月份以后至封冻前进行。
4、放入沼肥：作为基肥，在清塘后投放鱼种前，每亩水面施入沼肥200-300千克，一般不宜超过300千克，施肥后灌水50-80厘米，待水色变绿后可放养鱼种。
作为追肥，其原则是少施、勤施，看天、看水、看鱼施肥，根据季节、水温、水色等因素决定施肥的时间和数量。沼气发酵残留物作追肥施用时，用量应比基肥适当减少。在施用过程中，可根据水色透明度的变化来调整施用量和次数。一般地，春季水色透明度不低于20厘米；盛夏和初秋，水色透明度应控制在25厘米以下；秋末，则水色透明度以25厘米为宜。施用时间均应选择在晴天的中午进行。
5、其他：投饵、日常管理以及捕捞轮放等，其方法与常规淡水养鱼相同。
