贝类育苗中，常用的单胞藻有角毛藻、新月菱形藻、三角褐指藻、金藻、扁毛藻、小球藻、微球藻等。
一、角毛藻、新月菱形藻、三角褐指藻
角毛藻、新月菱形藻、三角褐指藻都属硅藻门。角毛藻又有多种，常用的主要是牟氏角毛藻。牟氏角毛藻属广温广盐性藻类，在我国南方和北方均能培养，在水温处于28℃～30℃，盐度为30‰左右的条件下生长最快，将硅藻培养液配方作为其培养液配方即可，若适量多加一些硅，其生长速度会有明显提高。而光照强度应根据不同的级别培养和不同的藻种浓度进行调节，如一、二级培养中应避免直射光，光照不能太强，三级培养刚接种时弱光照射较好，当浓度较大时可用直射强光照射，同时可适当增加光照时间，一般可延长2～3个小时。在一、二级培养时，光照过强时间过长或温度超过30℃时易使藻种变绿，此时，应严格控制光照强度、光照时间、温度，必要时可降低培养液的盐度，使其恢复正常。新月菱形藻、三角褐指藻适合生长的温度为15℃～20℃，超过28℃会死亡。不过，笔者曾将它们和金藻3011混合培养在31℃时也可以生长，其浓度达60万/mL。
二、金藻
养殖贝类常用的金藻有金藻3011、湛江叉鞭金藻、等鞭金藻，其适温较广，最适温度为28℃～30℃，最适盐度为25‰～32‰。金藻培养时应加入适量的维生素和铁以提高其生长速度，在三级培养时，原生动物繁殖极快，当在100倍显微镜下观察到每个视野有2个以上原生动物时，藻液可在2天内变成清水。因此，我们应对用水、工具、培养池等严格消毒，并每天对藻种进行镜检，对有少量污染的金藻及时投喂，对污染严重不能用的金藻应先消灭原生动物后方可排掉，以防对其它池造成污染。
三、小球藻和微球藻
小球藻、微球藻属绿藻门，绿藻纲，属广温、广盐性藻类。其本身具有抗污染特性，极易培养，在三级培养时，所用水可以不用消毒，用300目筛绢过滤即可，只是应定期加入培养液以防老化，对污染严重的小球藻和微球藻可用一定浓度的漂白精对藻种进行消毒，杀灭其原生动物，待原生动物杀死后再用硫代硫酸钠还原，两天后即可恢复正常。近几年来，由于海水养殖业的大量兴起，海水的水质变化很大，特别是海水中的硅藻含量增加，给绿藻类的培养带来很大难度。笔者在海南省水产研究所培养小球藻、微球藻过程中，碰到几次当藻种浓度很高时藻液在1小时内快速变红的现象，既使对用水严格消毒也没效果，这种现象一般出现在每年的7月～9月，此时加入一定量的牙胞杆菌可使其恢复正常。
四、扁藻
扁藻属绿藻门、绿藻纲，扁藻属，也是极易培养的藻种之一，此藻种对铁元素吸收量也较大，应及时补充铁元素以加速其生长。在扁藻较高浓度时还可通过加入一定浓度的药物对其提纯、浓缩，低温保藏，有需要时，可加入培养液再次培养。
五、在贝类藻种培养时还应注意以下几点：
1、对用水、肥料、工具、培养池进行严格消毒。
2、根据各海区海水的肥瘦添加适量的营养盐，加入低浓度营养盐可缩短藻类细胞的停滞期，后期追加营养盐可保持其指数生长期。
3、及时调节光照、盐度、温度。根据藻种的不同浓度及时调整光照强度、光照时间，浓度较大时，可增强光照强度，延长光照时间，对易发生藻种变异的藻类，在一级培养时调整其生长盐度和温度是非常必要的。
4、根据不同的藻种用不同的药物控制污染并待藻种浓度高时适时进行浓缩、保藏以备不时之需。
5、一级培养时，尽可能在每次扩种时，根据藻种的上浮、聚光特性进行宏观提纯，以保证藻种的纯度和活性。
