一是危害的隐蔽性。农产品特别是食用农产品，常常需经过辅料搭配、蒸煮、煎炒等烹饪加工才能食用。受物理性、化学性和生物性污染的农产品在这些食用加工过程中，农产品质量安全的真实水平或程度往往得以掩饰，很难凭感观或一般检测设备进行识别。并且，一些参数或指标的检测难度进一步加大，检测时间进一步延长，质量安全状况难以及时准确判断，危害具有较强的隐蔽性。
二是危害的单一性。农产品的生产环节相对单一，影响质量水平的不安全因素主要来自农业生产过程。土壤、大气、灌溉水等产地环境含有的有毒有害物质，化肥、饲料、农药、兽药等含有的有毒有害成分，均可能在农产品中直接残留，危害环节相对单一，危害因素常以化学性污染物为主。
三是危害的多发性。化肥、饲料、农药、兽药是农产品生产的重要投入品。当前，我国农药、兽药农业生产资料市场相当混乱，一些农业投入品专业技术人员都难以识别，对科学文化素质还不太高的农民来说，更是难以准确判断，加上农业投入品使用的不规范和工业“三废”排放造成的面源污染，使得农产品质量安全事故呈多发态势。但由于农产品生产规模一般较小，生产周期较长，受影响的农产品数量较少，且由于流通销售半径相对较小，其质量安全的危害一般较小。
四是管理的复杂性。农产品属于第一产业范畴，生产周期长。产地环境是完全开放的自然地理环境，很难人为控制。生产者以高度分散的、小规模农户为主，规模化、组织化、机械化程度均很低，素质参差不齐，化肥、农药、兽药、饲料等农业投入品的使用情况差异巨大，污染农产品的途径众多，农产品质量安全管理十分复杂。目前，农产品质量安全管理一般以农业部门为主、依据《农产品质量安全法》进行，难度很大。
