有机农业有很多定义，目前要用简短而明确的语句来表达有机农业的概念还不容易，通常人们采用有机农民可以使用或不可以使用的方法或物质的方法来定义有机农业，因此把有机农业简称为不使用化学物质的农业。该定义尽管简练明确，但忽视了有机农业的精华。会给初次接触有机农业概念的人们带来一些误解。
欧洲把有机农业描述为：一种通过使用有机肥料和适当的耕作措施，以达到提高土壤的长效费力的系统。有机农业生产中仍然可以使用有限的矿物质，但不允许使用化学肥料。通过自然的方法而不是通过化学物质控制杂草和病虫害。
美国农业部的官员在考察欧洲的有机农业之后，给有机农业下了一个比较确切的定义，即有机农业是一种完全不用或基本不用人工合成的肥料、农药、生产调节剂和畜禽饲料添加剂和生产体系。在这一体系中，在最大的可行范围内尽可能地采用作物轮作、作物秸杆、畜禽烘肥、豆科作物、绿肥、农场以外的有机废弃物和生物防治病虫害的方法来保持土壤生产力和耕性，供给作物营养并防止病虫害和杂草的一种农业。尽管该定义还不够全面，但该定义描述了有机农业的主要特征，规定了有机农民不能做什么，应该做什么。
国际有机农业运动联合会（IFOAM）给有机农业下的定义为： 有机农业包括所有能促进环境、社会和经济良性发展的农业生产系统。这些系统将妆地土壤肥力作为成功生产的关键。通过尊重植物、动物和景观的自然能力，达到使农业和环境各方面质量都最完善的目标。有机农业通过禁止使用化学合成的肥料、农药和药品而极大地减少外部物质投入，相反利用强有力的自然规律来增加农业产量和抗病能力。有机农业坚持世界普遍可接受的原则，并据当地的社会经济、地理气候和文化背景具体实施。因此，IFOAM强调和运行发展当地和地区水平的自我支持系统。从这个定义可以看出有机农业的目的是达到环境、社会和经济三大效益的协调发展。有机农业非常注重当地土壤的质量，注重系统内营养物质的循环，注重农业生产要遵循自然规律，并强调因地制宜的原则。
综观以上几种对有机农业定义的描述，可以认为有机农业生产是一种强调以生物学和生态学为理论基础并拒绝使用化学品的农业生产模式。有机农业的特点可归纳为三点：
（1）建立一种多种种养结合的农业生产体系；
（2）系统内土壤、植物、动物和人类是相互联系的有机整体；
（3）采用土地（生态环境）右以承受的方法进行耕作。
对有机农业的理解，容易产生以下几方面的误解：
第一、有机农业就是指不用化学合成物质的农业。如果把有机农业简单地说成为“在生产过程中，不使用人工合成的肥料、农药、生长调节剂和饲料添加剂的农业”是不正确的。有机农业强调持续生产体系的建立。不采取任何管理措施的农业生产体系是不能持续发展下去的，因此不是有机农业生产。
第二、有机农业就是传统农业，发展有机农业是在走回头路。这一点是绝大多数人初次接触有机农业概念时最易产生的误解，也是首先必须澄清的事实。有机农业是由一些科学家、哲学家为了保护我们赖以生存的土壤，生产健康的作物和食品的背景下提出来的，在世界经历了“石油农业”带来的能源、环境和仪器安全危机之后得以大力提倡和发展并超越现代农业思想的一种农业生产模式。它只有在生物学、生态学发展到一定程度，在人们认识到人与自然的关系只有协调起来才能促进人类进步与发展之后才可能得到认同和推广。因此可以说有机农业是人们在高度发达的科学技术基础上重新审视人与自然关系的结果，而不是复古和倒退。有机农业拒绝使用农用化学品，但决不是拒绝科学，相反它是建立在应用现代生物学、生态学知识，应用现代农业机械，作物品种，现代良好的农业生产管理方法和水土保持技术，以及良好的有机废弃物和作物秸杆和处理技术，生物防治技术和实践。人们听到作物生产力不用农药、化肥就觉得不可思议，正是现代农业过分依赖化学和工业技术，忽略了环境和生态的体现。
第三、有机方法种植的作物产量肯定比现代种植的产量低。应该承认，在有机农业生产体系建立期间（有机转换期间），有机作物的产量通常会比常规作物的产量低。但从长远来看，一旦建立良性的有机农业生产体系，有机生产的作物产量并不一定会比常规作物产量低，整个有机体系的生产力一定高于常规体系的生产力。而且产量高低也是一相对的概念，通过超过系统可承受的外部物资的投入来获得过高的产量并不是有机农业追求的目标。
第四、有机农业和作物品质低、营养差。现在人们通常认为，由于在有机农业生产中不允许使用化学肥料，作物在生长中营养元素供应不够，因此作物长势肯定不好，产品质量肯定差。有机农业强调种植业的平衡，以及有机生产体系内养分的循环和补充，通过有机生产措施培肥土壤肥力，建立待续的作物营养物质供应体系。因此一旦有机农业生产体系建成，并形成良性循环，作物在生长中可以从系统中获得充分的完全营养，而常规作物生产通常仅重视少数几种营养元素的供应，一些作物生长的必需营养物质难以得到补充，导致产品的口味和营养不好，因此有机种植的作物品质不会比常规的作物差，相反有机生产的产品其口感好、味道正是人们的普遍常识。
第五、有机食品一定是无污染，不含化学残留物质。食品是否有污染物质是一个相对的概念。自然界中不存在绝对不含任何污染物质的食品。随着高精密分析仪器的检测限的提高，自然界中即使再优质的食品，也或多或少地含有一些污染物质应该说，有机食品中污染物质的含量比普通食品低。但有机食品并不是绝对无污染。强调有机食品的无污染特性，仅会导致人们过份重视对环境和终产品的污染状况的分析，而忽视对整个生产过程的全程质量控制。
第六、有机农业生产仅仅是简单地用有机肥替代化肥的使用。为了替代化肥，在有机生产中需要使用大量的有机肥。如果不注意有机肥和科学施用方法和用量，例如过量使用或过多使用时间不恰当，其后果不仅要影响作物的生长，还会影响作物的品质，使作物易受病虫害和危害，也会造成环境污染。
第七、有机农业劳动力投入多，成本高。应该承认，有机农业所需的劳动力投入要比常规农业投入多得多，特别表现在利用农业废弃物时的劳动力投入。有机农业生产充分利用了农业系统的废弃物，减轻了对环境的污染，从而减小了社会用于治理环境污染所花费的费用，减轻了由于环境污染对人体健康和社会造成的直接和间接经济损失。人们在计算有机农业和常规农业的投入时，往往忽视了这些投入的真正价值。
