绿色食品标志的管理分为法律管理、行政管理、消费者监督管理。
绿色食品标志是一种质量证明商标，使用时必须医守《中华人民共和国商标法》的规定，一切假冒、伪造或使用与该标志近似的标志，均属违法行为，各级工商行政部门均有权依据有关法律和条例予以处罚。
中国绿色食品发展中心是代表国家管理绿色食品事业发展的唯一权力机构，并依照[绿色食品标志管理办法]对标志的申请、资格审查、标志颁发及使用等进行全面管理。各省（市）绿色食品办公室是受中国绿色食品发展中心委托的管理部门，履行由中国绿色食品发展中心划定的职责，在各地政府的领导和支持下，直接为绿色食品企业服务。中国绿色食品发展中心在全国范围内设立的食品监测网，及各地绿办委托的环保机构形成的监测网，对绿色良品生态环境及产品质量进行技术性监督管理。
绿色食品标志经中国绿色食品发展中心授权用户使用后，如未经中心书面同意，不得再私发附属证书或转移标志的使用权于第三者。
绿色食品标志只能用于按《绿色食品标志管理办法》规定的程序，逐级审查，检验并经中心颁发使用证书的产品或产品有关事宜上，即使与已使用标志产品出自同一生态环境或同一生产过程用户均不得自行认定其能够使用绿标。
在产品包装上使用标志必须符合《绿色食品标志手册》的规范要求。做到四位一体即文字、图标、编号及经中国绿色食品发展中心许可使用绿色食品标志。在其它物体上使用标志需符合《绿色食品标志设计手册》的规定。
标志的使用期限为三年，基地标志使用期限为六年，到期前三个月需提前重新申报。在使用期内需向中心交纳标志使用费。
