近年来，农业部坚决贯彻落实《农产品质量安全法》、《食品安全法》，一手抓检验检测体系建设，一手抓监测工作深化，有力地提升了农产品质量安全监管能力。监测结果显示，按2008年同口径统计，2009年全年蔬菜、畜禽产品和水产品合格率为96.4%、99.5%、97.2%。我国农产品质量安全水平稳步提升，总体状况向好。目前，全国已有31个省（区、市）和计划单列市建立了监测制度。通过完善监测数据汇总分析和预警机制，建立质量安全形势会商机制，形成抽检分离制度和检打联动机制，初步杜绝了不合格农产品入市。
我国农产品质量安全监测工作，起步于2001年，目前，在全国省会城市和主要农产品产区，普遍推行对重点农产品和农业投入品，在产地、批发市场和超市各环节，开展例行监测、普查和监督抽查的农产品质量安全监测制度。重点工作一是不断深化例行监测。2009年，监测产品种类从4类增加到10类，参数从30项增加到68项，范围从36个扩大到259个大中城市。截至2009年底，共检测蔬菜样品11.5万个，畜产品7万个，水产品2万个，获得有效数据225万个。二是扎实开展农产品质量安全隐患普查。自2000年起，农业部每年均对10多种农产品和农业投入品实施质量安全普查，已获得数十万个可溯源的基础性数据。三是强化监督抽查和执法处罚。自《农产品质量安全法》颁布实施以来，结合专项整治，共开展了10次较大规模的监督抽查，抽查样品近3万个，产品涵盖蔬菜、水果、食用菌、生猪产品、鸡肉、禽蛋和水产品。
2007年，农业部启动实施了《全国农产品质量安全检验检测体系建设规划》，自规划实施以来，共建设各级农产品质量安全检验检测机构达507家，质检机构总数已达2228家，可检测农产品参数达3.6万多个，部、省、地、县四级各有侧重，相互补充的检测网络体系初步形成。
